Povestea se petrece la bordul navei de război HMS Indomitable, în 1797 timpul războaielor revoluționare franceze. Există un scurt prolog la început și un epilog la sfârșit, în timpul căruia bătrânul căpitan se gândește la povestea care s-a petrecut cu mulți ani înainte. Restul operei relatează această poveste.
Prologul
Căpitanul Vere, un bărbat în vârstă, se gândește la viața sa și la perioada petrecută în marină. Se gândește la ceea ce i s-a întâmplat lui Billy Budd cu câțiva ani mai devreme și se simte trist pentru că nu a reușit să-l salveze.
Actul 1
Echipajul de pe Indomitable lucrează pe punte. Acolo lucrează un om nou (Novice). Acesta alunecă și se lovește de un ofițer. Novicele este biciuit (bătut) cu cruzime pentru asta. În același timp, un alt membru al echipajului vine cu trei tineri noi, care au fost presați (forțați) să vină să lucreze pe navă. Unul dintre acești trei bărbați este Billy Budd.
Billy Budd este foarte fericit la noul său loc de muncă. Dar își dă seama cât de crud va fi tratat. Cel care conduce echipajul este Claggart. El este comandantul navei și este foarte crud. El spune că Billy Budd i se pare un tânăr de treabă, deși este bâlbâit. Billy își ia rămas bun cu bucurie de la nava pe care lucra, numită Drepturile omului. El nu vede ironia din numele acelei nave (acolo avea cel puțin niște drepturi, dar acum va fi tratat rău. Cuvântul "indomit" înseamnă: "ceva care nu poate fi învins"). Lui Claggart nu-i place atitudinea lui Billy și îi spune lui Squeak să îl urmărească cu atenție.
Novicele se întoarce din biciuire. Are dureri atât de mari încât nu poate merge. Billy este șocat, dar se gândește că nici el însuși nu va fi tratat astfel atâta timp cât se supune regulilor de pe navă.
Dansker le spune noilor oameni că porecla căpitanului Vere este "Starry Vere". Billy crede că acesta trebuie să fie un om bun și îi jură loialitate, deși nu l-a văzut încă. În versiunea în patru acte, căpitanul Vere vine pe punte și îi încurajează pe oameni să se descurce bine în luptă.
Actul 2
În cabina sa, căpitanul Vere discută cu ofițerii săi despre revoluția franceză. Aceștia vorbesc despre mutările care au avut loc în marina britanică. Ofițerii spun că Billy ar putea cauza probleme, dar Vere crede că oamenii lui sunt toți buni.
Când Billy îl găsește pe Squeak căutând prin lucrurile lui, se înfurie și bâlbâiala lui se agravează. Îl trântește pe Squeak la pământ. Claggart pare să fie de partea lui Billy, așa că nu este pedepsit. Cu toate acestea, Claggart vrea să fie rău cu Billy. Îi dă niște bani Novicei și îi spune că ar trebui să-l convingă pe Billy să pornească o revoltă și că ar trebui să-i dea banii lui Billy drept mită. Novicele nu îndrăznește să refuze. Billy refuză mita și crede că va fi răsplătit, dar Dansker îl avertizează că Claggart este periculos. Billy este prea naiv pentru a înțelege ce spune Dansker. Cei doi cântă un duet în care Billy cântă cât de minunată este viața pe vas, iar Dansker încearcă să-l avertizeze pe Billy în legătură cu Claggart: "Jemmy-legs este pe urmele tale".
Actul 3
Claggart începe să-i spună lui Vere că Billy ar putea cauza probleme, dar este întrerupt când vede o navă franceză. Indomitable atacă, dar pierde din vedere inamicul în ceață. Claggart se întoarce și îi spune lui Vere că Billy reprezintă o amenințare de revoltă. Vere nu-l crede și trimite după Billy pentru ca Claggart să vorbească cu el.
Mai târziu, în cabina lui Vere, Claggart repetă acuzația falsă în prezența lui Billy. Încă o dată, Billy începe să se bâlbâie pentru că este foarte furios. Incapabil să vorbească, îl lovește pe Claggart și îl ucide. Căpitanul trebuie să îi adune pe ofițeri. Aceștia decid că Billy este vinovat și îl condamnă la spânzurătoare. Billy îl imploră pe Vere să-l salveze, iar ofițerii îl întreabă ce ar trebui să facă, dar Vere tace. El intră în cabina în care este ținut Billy. Muzica sugerează că căpitanul îi spune lui Billy despre condamnarea sa la moarte.
Actul 4
Dansker îi aduce lui Billy o băutură. El îi spune că echipajul este dispus să se răzvrătească de dragul lui, dar Billy își acceptă soarta. Dimineața devreme, echipajul se adună pe punte și Billy este executat. Chiar înainte de a muri, îl laudă pe Vere, cântând: "Starry Vere, Dumnezeu să te binecuvânteze!", iar restul echipajului îi face ecoul.
Epilog
Vere, ca un bătrân, își amintește de înmormântarea lui Billy pe mare. Se gândește la modul în care tânărul l-a binecuvântat în timp ce murea și își dă seama că aceasta a fost o adevărată bunătate. Vere este acum împăcat cu el însuși. Orchestra se oprește din cântat și vocea lui Vere se aude în timp ce luminile se sting.
