Argentina
Messi avea dreptul de a juca atât pentru Spania, cât și pentru Argentina, deoarece avea dublă cetățenie, dar a decis să joace pentru țara sa natală, Argentina. El a condus echipa până la meciul final al Cupei Mondiale U-20 din 2005, marcând goluri importante în fazele eliminatorii. Messi a marcat două goluri în finala cu Nigeria, iar Argentina a câștigat cu 2-1. Pe lângă medalia de învingător, Messi a primit și Gheata de Aur pentru cele mai multe goluri marcate (6), precum și Balonul de Aur pentru cel mai bun jucător.
Messi a jucat primul său meci cu echipa de seniori la 17 august 2005, împotriva Ungariei. El a intrat pe teren ca rezervă. Cu toate acestea, i s-a arătat cartonașul roșu după 45 de secunde de joc pentru că a lovit accidental un adversar în față, în timp ce Messi încerca să îl smulgă pe acesta din tricou. Messi a marcat primul său gol pentru Argentina într-un meci amical împotriva Croației, la 1 martie 2006. Argentina a pierdut meciul cu 3-2. A fost selecționat pentru Cupa Mondială din 2006 de selecționerul José Pekerman. În al doilea meci al Argentinei, împotriva Serbiei, a devenit cel mai tânăr jucător al Argentinei care a jucat la o Cupă Mondială. De asemenea, a asistat la un gol marcat ultimul în victoria cu 6-0. Acest gol l-a făcut cel mai tânăr marcator de la Cupa Mondială din 2006.
Messi a câștigat cu Argentina și Jocurile Olimpice din 2008, când a asistat la golul lui Ángel Di Maria din finala cu Nigeria de la Beijing. Messi a fost numit căpitan al echipei naționale în 2011. El a marcat primul său hat-trick cu țara sa la cea de-a 68-a apariție, în timpul unei victorii cu 3-1 împotriva Elveției, în februarie 2012.
La 21 iunie 2016, a doborât recordul de goluri pentru Argentina, marcând al 55-lea său gol cu o bijuterie de lovitură liberă împotriva Statelor Unite în Copa America Centenario. A fost considerată cea mai bună lovitură liberă marcată de Messi în cariera sa. Recordul fusese deținut anterior de Gabriel Batistuta, cu 54 de goluri.
Pensionare
Pe 26 iunie, Argentina a pierdut din nou la penalty-uri, 4-2 în fața Chile, în finala Copa America Centenario, după un 0-0. Messi a ratat penalty-ul la loviturile de departajare. Aceasta a fost a treia înfrângere consecutivă a lui Messi într-o finală de turneu major cu Argentina și a patra în general. La o zi după meci, Messi și-a anunțat retragerea din fotbalul internațional. Într-un interviu emoționant după meci, el a declarat că este foarte trist că a ratat penalty-ul și, de asemenea, trist că nu a reușit să câștige niciun trofeu în patru finale.
Întoarcerea de la pensie
El a ieșit din retragere în octombrie 2016 pentru preliminariile Cupei Mondiale din 2018.
După un început lent la Cupa Mondială FIFA 2018, a ajutat Argentina să se califice în turul următor al competiției, marcând primul gol în victoria cu 2-1 în fața Nigeriei.
Săritură în 2021 cu noul antrenor, Lionel Scaloni, Argentina a câștigat Copa America în iunie. Cu golul marcat de Dimaria în minutul 11, a învins Brazilia cu 1-0 pe teren propriu. Care a fost unul dintre principalele motive pentru care Messi a câștigat Ballon do'r pentru a 7-a oară și record.
La jumătatea anului 2022, Messi și incredibila echipă a Argentinei, împreună cu Lionel Scaloni, au învins Italia cu 3-0 și au câștigat trofeul Finalissma.