Naka a învățat să programeze copiind și depanând coduri de jocuri video tipărite în reviste. Experiența l-a făcut să dorească să studieze asamblatoarele și să exerseze scrierea de cod în timpul orelor de școală. După ce a absolvit liceul, Naka a decis să renunțe la universitate și să rămână în orașul său natal.
În jurul anului 1983, Naka a văzut că Sega căuta asistenți de programare. El a decis să aplice. După un scurt interviu, a început să lucreze pentru Sega în aprilie 1984. Prima sa sarcină a fost proiectarea hărților și verificarea dischetelor pentru un joc numit Road Runner pentru SF-7000. Naka nu-și amintește dacă jocul a fost lansat vreodată. Primul său proiect major a fost un joc numit Girl's Garden. El și Hiroshi Kawaguchi l-au creat împreună, ca parte a procesului de formare.