Go-Daigo a devenit împărat în 1318, la vârsta de 30 de ani. Acest lucru nu era ceva obișnuit pentru acea vreme. De obicei, băieții mici erau numiți împărați. Când deveneau bărbați adulți, mergeau în comunități religioase pentru bărbați, unde înființa un guvern și conduceau chiar dacă rămâneau în mănăstire. Un nou băiat din familia imperială era pus pe tron. Acest sistem, cu un băiat pe tron în public și un "fost" împărat care guverna dintr-o mănăstire, se numea guvernare claustrală sau insei.
Go-Daigo a vrut să conducă el însuși Japonia. Guvernul bakufu era slab, deoarece nu reușise să își răsplătească războinicii. Când mongolii au invadat, bakufu a adus o armată și i-a împiedicat să invadeze. Dar modul obișnuit de recompensare a războinicilor era să le ofere pământurile și comorile inamicului învins. Deoarece mongolii erau invadatori, nu aveau pământuri pe care shogunii să le ofere războinicilor lor. Acest lucru i-a făcut pe războinici să fie nemulțumiți de shoguni. Go-Daigo a început să strângă în liniște o armată pentru a-i învinge pe bakufu și a prelua controlul asupra Japoniei, dar a fost descoperit. Shogunul l-a prins și l-a întemnițat în Insulele Oki.
Susținătorii lui Go-Daigo au luptat pentru el în timp ce acesta se afla în Insulele Oki. Unul dintre generalii shogunului, Ashikaga Takauji, a schimbat tabăra. Partea lui Go-Daigo a câștigat, iar Go-Daigo a domnit. Domnia sa este numită Restaurarea Kemmu.
Go-Daigo nu l-a recompensat pe Ashikaga Takauji cu un rang înalt, ci doar cu cel de consilier. El nu i-a recompensat nici pe mulți dintre ceilalți susținători ai săi. În 1335, Takauji s-a declarat shogun și s-a răzvrătit. Takauji și armata sa au capturat Kyoto și au instalat acolo ca împărat pe una dintre rudele lui Go-Daigo. Go-Daigo a fugit din Kyoto și a înființat o curte la sud de Nara. Curtea lui Go-Daigo a condus doar ținuturile din apropiere. Astfel, timp de mulți ani, au existat doi bărbați care au spus că sunt împăratul Japoniei.
