Sancho al VI-lea a moștenit un regat slăbit, supus unor raiduri frecvente din partea regatului Castiliei lui Alfonso al VII-lea și a comitatului de Barcelona al lui Ramon Berenguer al IV-lea, de asemenea rege de Aragon, care în 1140 acceptase împărțirea regatului prin Tratatul de la Carrión.
A încercat să refacă granițele regatului său, care fuseseră reduse de tratatele de la Tudején și Carrión, pe care fusese obligat să le semneze cu Castilia și Aragon la începutul domniei sale. Prin Acordul de la Soria, Castilia a fost în cele din urmă confirmată în posesia teritoriilor cucerite. În fața unei posibile preluări militare castiliene a altor teritorii vestice ale Navarrei, Sancho al VI-lea și-a reafirmat autoritatea regală prin fondarea mai multor orașe în 1181, printre care San Sebastián, Vitoria și Treviño, printre altele.
A fost ostil contelui Raymond Berengar al IV-lea de Barcelona, dar fiul lui Raymond, regele Alfonso al II-lea de Aragon, a împărțit cu acesta pământurile luate din Murcia prin tratatul de la Sangüesa din 1168. În 1190, cei doi vecini au semnat din nou un pact la Borja de protecție reciprocă împotriva expansiunii castelanilor.
A murit la 27 iunie 1194, la Pamplona, unde este înmormântat.
