Un microscop cu fluorescență este un microscop optic care utilizează fluorescența și fosforescența pentru a studia substanțele organice sau anorganice. "Microscop cu fluorescență" înseamnă orice microscop care utilizează fluorescența pentru a realiza o imagine. Acest lucru se aplică indiferent dacă este vorba de un montaj mai simplu sau de un design mai complicat.
Majoritatea microscoapelor cu fluorescență, în special cele utilizate în științele vieții, sunt de tip epifluorescență, așa cum se arată în diagramă. Lumina cu lungimea de undă de excitație luminează specimenul prin lentila obiectivului. Fluorescența emisă de specimen este focalizată pe detector. Separatorul de fascicule dicroic acționează ca un filtru specific lungimii de undă, transmițând lumina fluorescentă către ocular sau detector, dar reflectând orice lumină de excitație rămasă înapoi către sursă.
