În Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (cunoscută și sub numele de Rebuild of Evangelion), Kaworu joacă un rol ceva mai important. El apare pentru prima dată aproape de sfârșitul episodului 1.0: Ești (nu) singur, te trezești într-un sicriu pe lună. Apoi se ridică în picioare și privește spre pământ, comentând că "Al treilea nu s-a schimbat" și că abia așteaptă să se întâlnească cu el (Shinji Ikari).
În 2.0: You can (not) advance, Gendo Ikari și Kozo Fuyutsuki vizitează baza lunară a lui Seele pentru a observa construcția Unității 06 și îl văd pe Kaworu stând pe degetul Unității 06, purtând doar pantaloni. Kaworu pare să i se adreseze lui Gendo cu apelativul "Tată", deși nu se știe dacă a vrut să o spună la propriu sau metaforic. De asemenea, Kaworu este văzut pentru scurt timp îmbrăcându-și un costum de protecție, tot pe lună, în timp ce Mari Illustrious Makinami se pregătește să se lupte cu Zeruel în Geofront. Ultima sa apariție în 2.0 este chiar la sfârșitul filmului, după ce se derulează genericul. Ceea ce se presupune că este o Lance a lui Longinus este aruncată în jos spre pământ și sfârșește prin a împunge Unitatea 01, oprind Al treilea impact. Kaworu este apoi văzut coborând spre pământ în Unitatea 06, cu o privire neobișnuit de furioasă. El promite că, de data aceasta, îi va aduce lui Shinji fericire.
În următorul film, 3.0: You can (not) redo, Kaworu joacă un rol mult mai important. În timp ce Asuka și Shinji din Unitatea 01 cad pe pământ, Kaworu spune că l-a așteptat pe Shinji. El este văzut apoi cântând la pian în sediul Nerv, după ce Shinji este adus acolo de Unitatea 00. Mai târziu, tatăl lui Shinji îl informează pe Shinji că va fi copilotul unei noi unități Evangelion, Unitatea 13, alături de Kaworu (fără a spune numele lui Kaworu). Kaworu îl strigă apoi pe Shinji și îi cere să cânte la pian. Acesta este ezitant la început, dar cu îndrumarea lui Kaworu, cei doi reușesc să cânte un duet împreună destul de frumos, în ciuda afirmației lui Shinji că nu știe să cânte. Kaworu se prezintă și îi spune că amândoi sunt copii legați de soartă. Kaworu și Shinji continuă să cânte la pian împreună (ceea ce îi ajută indirect să se sincronizeze pentru a activa împreună Unitatea 13 mai târziu) și ajung să se vadă ca prieteni, Kaworu comentând că "chiar s-a născut să-l întâlnească" - un citat aproape exact din rolul său din seria originală. Când Shinji își exprimă teama față de ceea ce s-a întâmplat în cei 14 ani în care a fost plecat, Kaworu îi arată distrugerea din apropierea celui de-al Treilea Impact, subliniind că totul a fost provocat de Shinji, dar și asigurându-l că "există întotdeauna speranță" și spunându-i mai târziu lui Shinji că, împreună, pot repara totul cu cele două sulițe din Central Dogma.
Înainte de a pilota Unitatea 13, Kaworu îndepărtează dispozitivul de sugrumare DSS de la gâtul lui Shinji și îl pune pe al său, astfel încât Shinji să nu se teamă de moarte în timp ce activează Unitatea 13. Totuși, după ce coboară în Central Dogma pentru a recupera sulițele, Kaworu își dă seama că ceva nu este în regulă. El îl îndeamnă pe Shinji să nu ia sulițele, dar Shinji își oprește comenzile și le scoate oricum. La scurt timp după aceasta, începe Al patrulea impact și Unitatea 13 se trezește. Sufocatorul DSS începe să se activeze, iar Shinji este condus la disperare știind că el a provocat Al Patrulea Impact și că Kaworu, poate singurul său prieten în acest moment, este pe cale să moară.
În ciuda a tot ceea ce se întâmplă, Kaworu susține că el a fost cel care a declanșat Al patrulea impact, deoarece a devenit al 13-lea Înger. Înainte de a muri, Kaworu îi cere scuze lui Shinji pentru că nu a putut să-i aducă fericirea și îi promite că se vor întâlni din nou. Apoi, gulerul explodează, lăsându-l pe Shinji aproape în comă, asemănător cu starea sa de la începutul filmului End of Evangelion.
