Chiar și cu adăugarea de chicane, siguranța a fost o problemă pe circuit. Una dintre cele mai mari îngrijorări a fost virajul Tamburello, de mare viteză și fără denivelări. Tamburello era foarte accidentat și avea foarte puțin spațiu între pistă și un zid de beton. Zidul proteja un pârâu care se afla în spatele curbei. În Marele Premiu de San Marino din 1987, Nelson Piquet a avut un accident în acest viraj în timpul antrenamentelor. El a ratat cursa din cauza rănilor suferite. În Marele Premiu de San Marino din 1989, Gerhard Berger și-a accidentat Ferrari-ul la Tamburello după ce aripa față s-a rupt. Accidentul a fost atât de puternic, încât monococă (compartimentul șoferului) s-a despicat. Mașina a luat foc. Pompierii și personalul medical s-au pus rapid pe treabă. Datorită intervenției rapide, Berger a supraviețuit doar cu arsuri pe mâini. Berger a ratat doar o singură cursă, Marele Premiu de la Monaco. Alți piloți, printre care Michele Alboreto și Riccardo Patrese, au avut și ei accidente grave în curba Tamburello. Aceștia au scăpat fără răni grave.
În 1994 au avut loc trei accidente grave la Imola. În timpul antrenamentelor de vineri, Rubens Barrichello a lovit gardul de la Variante Bassa. A fost un accident foarte dur și a rămas inconștient timp de câteva minute. În timpul sesiunii de calificări de sâmbătă, austriacul Roland Ratzenberger s-a accidentat la Villeneuve Corner. El a lovit aproape frontal un zid de barieră din beton și a fost rănit foarte grav la cap. A fost dus la spital, dar a murit în urma rănilor. În cursa de duminică, AyrtonSenna, triplu campion mondial, s-a lovit de un zid de beton în curba Tamburello. Senna a fost ucis pe loc. În două accidente fără legătură între ele, mai mulți spectatori și mecanici au fost, de asemenea, răniți în timpul cursei.
Ca răspuns la decesele lui Ratzenberger și Senna, au fost făcute modificări pentru a încerca să facă circuitul mai sigur. Viteza virajului Tamburello a fost redusă. De asemenea, a fost transformat într-un viraj stânga-dreapta. A fost adăugată o capcană de pietriș în spațiul limitat din exteriorul virajului. De asemenea, virajul Villeneuve a fost redus și a fost adăugată o capcană de pietriș. Pentru a păstra o parte din caracterul vechiului circuit, șicana lentă de la Acqua Minerale a fost eliminată. Mulți spun că noua configurație a circuitului nu mai este la fel de bună ca înainte, ca urmare a noilor șicane de la Tamburello și Villeneuve.
O altă modificare efectuată a fost la Variante Alta. Variante Alta se află în vârful dealului care coboară spre Rivazza. Are cel mai greu punct de frânare de pe tur. Bordurile erau foarte înalte, iar piloții le loveau adesea. Acest lucru a provocat deseori daune mașinilor și uneori a dus la accidente. Înainte de Marele Premiu din 2006, bordurile au fost coborâte, iar virajul în sine a fost strâns pentru a reduce viteza.
Unii s-au plâns de calitatea slabă a facilităților (clădiri și zone de lucru) de la Imola. Marele Premiu din San Marino a fost scos din campionatul de Formula 1 după 2006.
