Există și un joc de cărți de joc Pokémon. Jucătorii folosesc cărți Pokémon pentru a se lupta între ei și le colectează prin deschiderea pachetelor. Există, de asemenea, turnee live găzduite de Nintendo. Daunele provocate de Pokémon sunt numărate prin "contoare de daune" sau obiecte care sunt plasate pe cărți pentru a ține evidența daunelor. După ce aduni toate numerele de pe contoarele de daune, le scazi din HP (punctele de sănătate) ale cărții pentru a afla câți HP au mai rămas. Doar 60 de cărți sunt folosite în pachetul unui jucător, iar șase dintre acestea sunt puse deoparte într-un teanc numit "cărți de premiu". După ce un jucător elimină o carte a adversarului, cel învins ia doar o carte premiu cu fața în jos, pentru Pokémon care nu sunt de tip EX. Între timp, când cineva face un Pokémon EX să leșine, primește două cărți de premiu. Există o grămadă de aruncat pentru fiecare jucător, unde se duc Pokémonii leșinați. Unele modalități de a câștiga sunt să iei toate cărțile de premiu și/sau să îți faci adversarul să tragă toate cărțile.
Există cărți concepute ca fiind diferite Pokémon, care au nevoie de obicei de cărți "Energie" pentru a folosi atacurile. Există, de asemenea, cărți "Trainer", care sunt folosite pentru lucruri suplimentare, altele decât atacurile directe ale Pokémon, cum ar fi acordarea de mai mulți HP Pokemonilor. Cei mai mulți fani ai seriei sunt de acord că un pachet bun este alcătuit din aproximativ douăzeci de cărți "Pokémon", douăzeci de cărți "Energie" și douăzeci de cărți "Trainer".
Jucătorii își pot evolua Pokémon-ul activ sau pe cel de rezervă. Bancul este un loc care poate găzdui Pokémon, iar acești Pokémon pot fi evoluați cu ajutorul cărții de evoluție. Pokémon activi pot evolua și ei, dar pot folosi și atacuri. Pentru a evolua un Pokémon, nu trebuie decât să pui cartea sa de evoluție deasupra.
Toate cărțile Pokémon au tipuri. Tipul influențează cât de eficient este un atac. De exemplu, o anumită carte Pikachu de tip Fulger poate folosi un atac care în mod normal provoacă 80 de daune. Dacă Pikachu îl folosește împotriva unui Pokémon cu o slăbiciune de +20 la Iluminare, adăugați încă 20 de pagube la pagubele normale pentru a ajunge la 100. Tipurile pot, de asemenea, să facă lucrurile mai puțin eficiente.
Există, de asemenea, un tip special de Pokémon în jocul de cărți de joc numit "EX" Pokémon. Pokémon EX & GX sunt mai puternici decât cei obișnuiți, dar atunci când sunt eliminați, adversarul jucătorului extrage două dintre cărțile sale de premiu (la Pokémon obișnuiți este doar una.) De asemenea, există un alt tip special de Pokémon în jocul de cărți de joc numit "Delta Species" Pokémon, care au tipuri diferite față de cărțile obișnuite, cum ar fi un Charmander de tip Electric, care de obicei este de tip Foc. În expansiunea jocului de cărți de tranzacționare "Diamond & Pearl", au fost introduse cărțile "LV.X". Acestea sunt puțin asemănătoare cu cărțile de evoluție, dar pot fi folosite doar pe Pokémon activi. În expansiunea "HeartGold & SoulSilver", The Pokémon Company a lansat noi cărți, numite cărți LEGEND. Cărțile LEGEND sunt două cărți vândute separat care, atunci când sunt puse împreună, formează o singură imagine. Ele pot fi folosite doar atunci când cele două cărți din care sunt alcătuite sunt puse împreună; nu pot funcționa separat.