Prima parte a metroului a înlocuit o rută de tramvai foarte circulată și a urmat Yonge Street de la Eglinton Avenue spre sud până la Front Street, apoi s-a întors spre vest timp de un bloc pentru a se termina la Bay Street, lângă gara principală a orașului, Union Station, astfel că stația de metrou a fost numită și Union. Această linie a fost finalizată în 1954 și avea o lungime de 7,4 km.
În 1963 a fost adăugată o altă parte, care mergea spre nord de la stația Union, pe sub University Avenue și Queen's Park până aproape de Bloor Street, unde se întorcea spre vest pentru a se termina la intersecția străzilor St. George și Bloor.
Linia Bloor-Danforth a fost deschisă în 1966 de-a lungul străzii Bloor și Danforth Avenue, de la Keele Street până la Woodbine Avenue, și a fost prelungită în 1968 pentru a merge de la Islington Avenue până la stația Warden, la Warden și St. Clair Avenues.
Trasarea liniei prin valea Don a fost posibilă datorită unei alegeri făcute cu mai bine de patruzeci de ani înainte. Atunci când viaductul Prince Edward a fost construit peste râul Don în 1919, proiectul său a inclus două punți sub șosea pentru a permite trecerea viitoarelor linii de cale ferată. Acest lucru a făcut posibil ca metroul să traverseze Don Valley până la Danforth Avenue pe partea de est.
Linia Yonge-University a fost prelungită la nord cu 8,7 km, de la Eglinton Avenue la Finch Avenue și Yonge, în 1973 și 1974.
Mai multe linii (9,9 km) au fost adăugate la linia Yonge-University în 1978, când a fost extinsă de la St. George și Bloor, spre nord și nord-vest până la Eglinton Avenue și Allen Road, apoi spre nord de-a lungul mijlocului Allen Road până la Wilson Avenue.
În octombrie 1976, un incendiu provocat intenționat a distrus vagoanele de metrou și a provocat pagube la stația Christie. Acest lucru a dus la închiderea liniei Bloor-Danforth timp de trei zile și a închis stația Christie pentru o perioadă de timp pentru reparații. În 1980 au fost adăugate mai multe linii de cale ferată la ambele capete ale liniei Bloor-Danforth. Fiecare dintre aceste extinderi a adăugat câte o stație, stații de autobuz și, la capătul estic, spațiu pentru conectarea la Scarborough RT.
Cu șase stații pe 6,8 km de cale ferată, Scarborough RT este o linie construită aproape în întregime deasupra solului, care nu are legături directe cu celelalte linii și care folosește trenuri diferite. Aceasta folosește trenurile Intermediate Capacity Transit System (ICTS), care sunt foarte diferite de trenurile de metrou. Traseul este complet separat de traficul rutier și de pietoni, stațiile sunt complet acoperite, iar trenurile au multe uși care folosesc platforme înalte.
Un kilometru suplimentar de 1,6 km a fost adăugat la capătul nordic al părții Spadina a liniei Yonge-University-Spadina, adăugând o stație (Downsview), cu parcare pentru autobuze.
În august 1995, TTC a avut un accident de metrou foarte grav în ceea ce numește accidentul Russell Hill, pe linia Yonge-University-Spadina, la sud de stația St. Clair West. Trei femei au murit și 100 de persoane au fost rănite, câteva grav.
Cea mai nouă linie de metrou, Sheppard, a fost inaugurată în 2002. Aceasta se întinde pe 5,5 km spre est, pe sub Sheppard Avenue, de la stația Sheppard de pe linia Yonge (numită acum Sheppard-Yonge), până la stația Don Mills, la intersecția dintre Sheppard și Don Mills Road. Linia Sheppard are mai puțini utilizatori decât celelalte două linii de metrou, iar pe ea circulă trenuri mai scurte.
În istoria sa de peste cincizeci de ani, primul copil care s-a născut pe peronul unei stații de metrou TTC a avut loc recent, la 6 februarie 2006. Acest incident a avut loc la stația Wellesley și a provocat întârzieri în rețeaua de metrou. A fost pe prima pagină a ziarelor timp de mai multe zile.
A fost adăugat un sistem vocal automat pentru a anunța fiecare stație (de exemplu: "Următoarea stație este Bloor, stația Bloor."), ceea ce a eliminat necesitatea ca operatorul de tren să anunțe fiecare stație. Sistemul automat este utilizat în întregul sistem de metrou și RT.
