Primii ani (2000-02)
În 2000, Iwata a devenit șeful diviziei de planificare corporativă a Nintendo. De asemenea, a fost inclus în consiliul de administrație. În următorii doi ani, el a dorit ca dezvoltarea de jocuri să fie mai ieftină și mai scurtă, asigurându-se în același timp că calitatea este în continuare bună. În primii doi ani la Nintendo, compania a înregistrat o creștere a profitului de 20 și 41%. Munca lui Iwata a contribuit la acest lucru. Când Yamauchi, președintele companiei din 1949, s-a retras la 24 mai 2002, Iwata a devenit cel de-al patrulea președinte al Nintendo. A fost primul președinte Nintendo care nu făcea parte din familia Yamauchi prin sânge sau căsătorie. Yamauchi i-a cerut lui Iwata un singur lucru: "ca Nintendo să aibă idei noi și să creeze hardware care să demonstreze acest ideal". Și să facă software care să aibă același standard". Nintendo era o companie care dorea individualism, cu o politică creată de Yamauchi de a crea noi posturi de dezvoltare atunci când era nevoie. Totuși, acest lucru împiedica o bună colaborare între departamente.
Când Iwata a fost promovat, Nintendo era încă o companie profitabilă. Cu toate acestea, nu se descurca la fel de bine ca alți producători de console. GameCube se vindea prost în comparație cu concurenții, PlayStation 2 de la Sony și Xbox de la Microsoft depășind-o în vânzări. Președinția sa a avut loc, de asemenea, când jocurile online au devenit populare. Nintendo nu începuse să facă jocuri online. El a fost prudent cu privire la acest lucru, spunând: "Nu suntem împotriva ideii de a merge online. Suntem doar practici". De asemenea, a creat o relație între Nintendo și Capcom care a ajutat GameCube. În timpul unui interviu din 2002, Iwata a declarat că, în opinia sa, industria jocurilor de noroc devenise prea exclusivistă. El a vrut să facă hardware și jocuri pe care toți oamenii să vrea să le joace, mai degrabă decât să se concentreze pe o grafică bună.
Unul dintre primele lucruri pe care le-a făcut în calitate de președinte a fost să se întâlnească direct cu cei 40 de șefi de departamente și cu alți 150 de angajați ai companiei. Acest lucru a fost foarte diferit de Yamauchi; Yamauchi nu se întâlnea des cu angajații și, de obicei, avea un singur discurs pe an. Iwata știa că doar pentru că este președinte, asta nu înseamnă că toată lumea va fi de acord cu el. El a decis să le vorbească la nivel personal. Dacă angajații nu erau de acord cu punctul său de vedere, Iwata le sugera să urmeze ideea lor în loc de a lui. El a spus că "creatorii se îmbunătățesc doar dacă își asumă riscuri". Iwata a adus, de asemenea, mai multe date și știință în partea de business a companiei. Yamauchi lua decizii folosind intuiția și experiența, Iwata avea idei cu multe date pentru a convinge oamenii. Iwata i-a promovat, de asemenea, pe Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori și Shinji Hatano ca directori reprezentativi în consiliul de administrație al companiei. Pozițiile lor aveau aceeași putere ca și a lui.
Revitalizarea companiei (2003-09)
Ca urmare a interviului din 2002, Iwata a declarat că există o problemă pe piața jocurilor de noroc în discursul său principal de la Tokyo Game Show 2003. În timpul acestui discurs, el s-a gândit la istoria industriei și la faptul că există mai puțin interes pentru jocurile video. Începând de la sfârșitul anilor 1990, au fost mai puține vânzări pe piața japoneză. Acest lucru a continuat până la începutul anilor 2000. Concurența dintre Nintendo și Sony a făcut ca consolele să se concentreze mai mult pe un hardware puternic. Cu toate acestea, Nintendo 64 a fost prea dificil pentru dezvoltatori să creeze jocuri. Din această cauză, software-ul nu era la fel de bun. Iwata a cerut să se facă o analiză. Nintendo a decis că concentrarea pe hardware nu era cel mai bun mod de a promova jocurile video. Au decis să se concentreze pe software. În 2004, a avut loc o mare schimbare în cadrul Nintendo. Iwata a fuzionat diverse departamente create sub conducerea lui Yamauchi. El dorea să aibă o muncă în colaborare în întreaga companie. Ulterior, în 2005, a creat un "Proiect de extindere a utilizatorilor". Angajații care, în mod normal, nu aveau legătură cu dezvoltarea de jocuri, dădeau idei pentru noi jocuri.
Într-un interviu din martie 2004, Iwata a declarat: "Jocurile au ajuns într-un punct mort." El a spus că dezvoltatorii au pierdut mult prea mult timp concentrându-se pe jucătorii de bază; a spus că nu vor face profit dacă nu vor face jocuri pentru jucătorii obișnuiți. De asemenea, a vrut să arate că Nintendo, o companie "conservatoare", va deveni un nou mare creator de divertisment. Iwata a creat o strategie de "ocean albastru" pentru a ajuta Nintendo să concureze cu ceilalți producători de console. În loc să concureze cu aceștia în privința hardware-ului puternic, Iwata a decis să creeze hardware și jocuri interesante și distractive.
Criza financiară (2010-14)
| Vânzările nete Nintendo în funcție de anul fiscal (2006-15) |
| Anul fiscal | | | | Vânzări (mil ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| Vânzările nete anuale ale Nintendo în milioane de yeniNota : culoarea verde indică un venit din exploatare, în timp ce culoarea neagră indică o pierdere din exploatare. |
Nintendo 3DS și Wii U nu au avut același succes ca DS și Wii. Situația financiară a Nintendo s-a înrăutățit începând cu 2010.