În Busan, există multe obiecte care arată viața strămoșilor când coreenii foloseau pietre pentru vânătoare. Cele mai multe dintre vestigii sunt de la începutul perioadei Epocii rocilor și există grămezi de scoici în jurul râurilor sau al oceanului Dongsam-dong, Yeongseon-dong, Dadae-dong, Amnam-dong, Geumgok-dong și Beombang. Cu toate acestea, oamenii au trăit, probabil, la sfârșitul epocii de piatră. În Epoca Bronzului, oamenii au trăit în unele locuri din acest oraș, cum ar fi Sajik-dong și Nampo-dong, deoarece există o mulțime de vestigii în comparație cu cele din Epoca Pietrei. Epoca bronzului a influențat crearea culturii Yayoi în Japonia. De asemenea, oamenii au folosit fierul în Epoca Fierului aici, deoarece mult fier a fost fabricat în Busan. Regatul Silla a controlat zona orașului Busan, Busan a fost numit Geochilsanguk, Geochilsangun și a fost schimbat în Dongnaehyeon. Dongnae este încă folosit ca denumire a zonei din Busan.
În timpul dinastiei Goryeo, care a condus partea de sud a Coreei, Busan era controlată de sistemul Sillla. În timpul dinastiei Joseon, portul Busan a fost deschis în 1407 și a fost un oraș important, deoarece este aproape de Japonia. Guvernul coreean le-a permis japonezilor să locuiască în Busan, deoarece Busan era deschis comerțului dintre Coreea și Japonia încă din secolul al XV-lea, iar japonezii au construit case și clădiri. Când a avut loc Războiul Imjin, japonezii sub controlul lui Toyotomi Hideyoshi au invadat Coreea în 1592, după ce dinastia Joseon nu a condus Japonia la dinastia Min, Japonia a spus că are nevoie de calea de a merge în China și de a cuceri dinastia Ming din China, dar Japonia și-a schimbat cuvintele și a atacat Coreea. În acel moment, Dinastia Joseon nu era pregătită pentru război. Prin urmare, deoarece Coreea și dinastia Ming aveau o relație bună cu China, dinastia Ming a ajutat Joseon să lupte împotriva Japoniei. Când Toyotomi Hideyoshi a murit, soldații japonezi au plecat din ținutul lor, deoarece și-au pierdut eroul și nu au putut lupta atât cu Coreea, cât și cu China.
Deoarece Busan este un oraș portuar, comerțul dintre Coreea și Japonia s-a desfășurat în Busan până în 1876, când Busan-Po (port) a fost deschis prin tratatul de la Kanghwa. În acel moment, Busan a fost primul port internațional. Mai târziu, celelalte porturi au fost folosite pentru comerț, deoarece Japonia dorea să vândă bunuri și alimente prin comerț printr-un acord comercial neloial.
Japonia a invadat din nou și a colonizat Coreea din 1910 până în 1945. Apoi, Japonia a controlat Coreea, inclusiv Busan. După încheierea celui de-al Doilea Război Mondial, Coreea a fost împărțită în Coreea de Nord, care a fost controlată de Rusia, și Coreea de Sud, care a fost guvernată de Statele Unite ale Americii. În timpul Războiului din Coreea, Busan a fost capitala temporară a Coreei de Sud între 1950 și 1953 și unul dintre orașele care nu au fost cucerite de Coreea de Nord atunci când a avut loc Războiul din Coreea. Prin urmare, mulți sud-coreeni s-au mutat în Busan din alte locuri. La acea vreme, trupele ONU au debarcat în Busan și au înconjurat Busan pentru a-i proteja pe coreeni de comuniști și pentru a învinge Coreea de Nord și alți comuniști aliați la 30 iunie 1950. Soldații sud-coreeni și cei ai ONU au început să lupte cu nord-coreenii și comuniștii din Coreea. Războiul coreean a avut loc atunci când guvernul coreean a fost împărțit în Republica Coreea și Republica Populară Democrată Coreeană din cauza ideologiei politice după Războiul Pacificului și al doilea război mondial. În 1995, numele orașului a fost schimbat din Busan City (Jikhalsi) în Busan Metropolitan City.