Două dintre principalele caracteristici întâlnite în creierul persoanelor care suferă de boala Alzheimer sunt încurcăturile neurobrilare ("încurcături"), care sunt alcătuite dintr-o proteină numită tau, și plăcile senile (care sunt alcătuite în principal dintr-o altă proteină numită beta-amiloid, fiind uneori numite și fascicule beta-amiloide sau "fascicule" pe scurt). Proteinele tau care formează încurcăturile au ținut anterior împreună o structură din interiorul neuronilor numită microtubuli, care este o parte importantă a neuronului; aceasta face parte din citoscheletul (scheletul celular), care este cel care menține forma celulei, iar microtubulii joacă un rol în comunicarea celulară.
Atât încurcăturile, cât și plăcile pot fi cauzate de alte boli, cum ar fi virusul Herpes simplex de tip 1, care este investigat ca o posibilă cauză sau contribuitor la dezvoltarea bolii Alzheimer. Nu se știe cu siguranță dacă încurcăturile și plăcile fac parte din ceea ce cauzează Alzheimer sau dacă acestea sunt rezultatele.
Microtubuli 
Microtubulele sunt alcătuite dintr-o proteină numită tubulină. Tubulina este polimerizată, adică atunci când moleculele formează mereu aceleași forme care sunt legate în grupuri, iar aceste grupuri sunt legate între ele. Ele pot forma lanțuri lungi sau alte forme; în acest caz, tubulina polimerizată formează microtubuli. Microtubulii sunt tuburi rigide ca niște paie microscopice care sunt goale în interior. Microtubulii ajută la menținerea formei neuronului și sunt implicați în transmiterea semnalelor prin neuron.
Tau 
Tau este o proteină care se găsește mai ales în neuronii din sistemul nervos central. Acestea ajută la menținerea împreună a microtubulelor din neuroni. iar atunci când apar schimbări în modul în care proteinele tau ar trebui să funcționeze, microtubulele se rup. Proteinele tau care nu mai țin microtubulii împreună formează șuvițe numite fibrile, care apoi se aglomerează în interiorul neuronului pentru a forma ceea ce se numește încurcături neurofibrilare . Aceste aglomerări, cunoscute și sub numele de "încurcături tau", sunt tot ceea ce rămâne după ce un neuron a murit.
| Stadializarea Braak a modificărilor neurofibrilare legate de boala Alzheimer. În prezent, aceasta este utilizată doar în scopuri de cercetare |
| Etapa | Tangle neurofibrilare în: | Simptomele |
| I/II Stadiul transentorhinal | Regiunea transentorhominală și regiunea entorhominală | Nici un simptom |
| III/IV Stadiul limbic | Formațiunea hipocampală și părți ale sistemului limbic și amigdala | Începutul bolii Alzheimer Deficiențe cognitive: probleme de memorie, cogniție spațială |
| V/VI Stadiul izocortical | În tot cortexul cerebral | Demență: boala Alzheimer complet dezvoltată |
Beta-amiloid 
Plăcile beta-amiloide (Aβ) (denumite și "beta amiloid") încep cu o proteină numită proteină precursoare amiloidă (APP). APP este una dintre proteinele care alcătuiesc membrana sau învelișul exterior al celulei, care protejează celula. În acest caz, un neuron... Pe măsură ce este produsă în interiorul celulei, APP iese prin membrana celulei.
În diferite părți ale celulei, inclusiv în partea cea mai exterioară a membranei celulare, substanțe chimice numite enzime taie APP în bucăți mici. Aceste enzime care efectuează tăierea sunt alfa-secretaza, beta-secretaza și gama-secretaza. În funcție de enzima care face tăierea și de părțile din APP care sunt tăiate, se pot întâmpla două lucruri diferite. Unul care este de ajutor și unul care determină formarea plăcilor beta-amiloide.
Plăcile se formează atunci când beta-secretaza taie molecula APP la un capăt al peptidei beta-amiloide, eliberând sAPPβ din celulă. Gamma-secretaza taie apoi bucățile de APP rămase și, care încă ies din membrana neuronului, la celălalt capăt al peptidei beta-amiloide. După această tăiere, peptida beta-amiloidă este eliberată în spațiul din afara neuronului și începe să se lipească de alte peptide beta-amiloide. Aceste bucăți se lipesc împreună pentru a forma oligomeri. Diferiți oligomeri de diferite dimensiuni plutesc acum în spațiile dintre neuroni, care pot fi responsabili de reacția cu receptorii de pe celulele vecine și sinapsele, afectând capacitatea de funcționare a acestora.
Unii dintre acești oligomeri sunt eliminați din creier. Cei care nu sunt eliminați se aglomerează împreună cu alte bucăți de beta-amiloid. Pe măsură ce mai multe bucăți se aglomerează, oligomerii devin din ce în ce mai mari, iar următoarea mărime se numește protofibrilă, iar următoarea mărime se numește fibrilă. După un timp, aceste fibrile se aglomerează împreună cu alte molecule de proteine, neuroni și celule nervoase și neuronale care plutesc în spațiul dintre celule și formează ceea ce se numește plăci.
Angiopatie amiloidă cerebrală (CAA)
Depozite de beta-amiloid se formează, de asemenea, în pereții (în tunica media, stratul mijlociu, și tunica adventice sau tunica externă, stratul exterior) arterelor mici și mijlocii (și uneori în vene) din cortexul cerebral și în leptomeningele (leptomeningele sunt cele două straturi interioare - pia mater și arahnoidă - ale meningelui, o membrană protectoare cu 3 straturi care acoperă creierul).
CAA se întâlnește la 30% dintre persoanele cu vârsta de peste 60 de ani care nu suferă de demență, dar se întâlnește la 90%-96% dintre persoanele cu boala Alzheimer și este severă într-o treime până la două treimi din aceste cazuri.