Scilly a fost locuită încă din neolitic. Istoria sa a fost una de subzistență până la începutul secolului al XX-lea (oamenii trăiau din ceea ce puteau obține de pe pământ sau din mare). Agricultura și pescuitul continuă și astăzi, dar principala industrie este acum turismul.
Este probabil ca până în vremuri relativ recente insulele să fi fost mult mai mari, multe dintre ele fiind unite într-o singură insulă, numită Ennor. Creșterea nivelului mării a inundat câmpia centrală în jurul anilor 400-500 d.Hr., formând insulele actuale.
Dovezile pentru insula mare mai veche includ:
- O descriere din epoca romană descrie Scilly ca fiind "Scillonia insula" la singular, ca și cum ar exista o singură insulă sau o insulă mult mai mare decât oricare dintre celelalte.
- Pe Nornour au fost descoperite rămășițele unei ferme preistorice, care acum este un mic skerry stâncos mult prea mic pentru agricultură.
- La anumite maree joase, marea devine suficient de puțin adâncă pentru ca oamenii să se poată plimba între unele dintre insule. Este posibil ca aceasta să fie una dintre sursele poveștilor despre ținuturi înecate, de exemplu Lyonesse.
- Zidurile antice ale câmpurilor sunt vizibile sub linia mareei înalte în largul unora dintre insule (de exemplu, Samson).
- Unele dintre toponimele din limba Cornish par să reflecte, de asemenea, liniile de coastă din trecut și fostele suprafețe de teren.
- Întregul sud al Angliei s-a scufundat în mod constant, în opoziție cu revenirea postglaciară din Scoția.
În larg, la jumătatea distanței dintre Land's End și insulele Scilly, se presupune că se află locul unde se află ținutul mitic pierdut Lyonesse, la care se face referire în literatura arturiană.
Scilly a fost identificat ca fiind locul de exil al celor doi episcopi eretici din secolul al IV-lea, Instantius și Tiberianus, care erau adepții lui Priscillian.