Universitatea Națională din San Marcos a fost fondată la 12 mai 1551, în Lima (
Peru), ca "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Real Universitatea din orașul regilor), de către împăratul Carlos I al
Spaniei. A fost prima universitate fondată oficial (prin decret regal) în
America. Primul său rector a fost Juan Bautista de la Roca. În primii săi ani a fost o instituție monastică. Pedro Fernández Valenzuela a fost primul său rector laic, în 1571. La 17 septembrie 1574, a fost ales numele evanghelistului "San Marcos" (Sfântul Marcu) ca nume oficial pentru principala universitate a Viceregatului Peru.
Universitatea din San Marcos a început cursurile sale cu studii de teologie și arte, după câțiva ani au fost introduse studiile de drept și medicină. Viceregele peruan Francisco de Toledo a dat ajutor pentru secularizarea universității, apoi a fost posibilă alegerea unei persoane religioase sau a unei persoane laice ca rector. În secolul al XVIII-lea, mulți intelectuali latino-americani de la Universitatea San Marcos au început să critice sistemul colonial. San Marcos și colegiile San Carlos și San Fernando (după ce au fost încorporate în universitate) au fost monitorizate de vicerege.
În perioada emancipării, universitatea a fost o figură foarte importantă pentru mișcările de independență. Primul Congres Constituant din Peru a avut loc în capela Universității San Marcos în 1822. În secolul al XIX-lea, universitatea a revenit în localul său cunoscut sub numele de "Casona", lângă parcul universitar. Până în 1946, universitatea a fost numită de obicei Universitatea din Lima, apoi, în acel an, a fost oficializat numele său ca "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Universitatea Națională din San Marcos). În 1951, a fost inaugurat Stadionul Universității din San Marcos, ca parte a sărbătoririi celei de-a 400-a aniversări a acesteia.
În prezent, Universitatea din San Marcos are 20 de facultăți și 62 de școli academice, fiind singura universitate peruană care oferă studii în principalele domenii ale cunoașterii (folosind criteriile UNESCO). San Marcos este considerată principala universitate peruană datorită participării sale importante pe parcursul istoriei Peru, precum și a absolvenților și cadrelor didactice notabile. Este singura universitate peruană care are printre absolvenți un laureat al Premiului Nobel, Mario Vargas Llosa.