Shah Jahan (cunoscut și sub numele de Prințul Khurram) s-a născut la 5 ianuarie 1592 în Lahore, Pakistan, fiind cel de-al treilea fiu al Prințului Salim (cunoscut mai târziu sub numele de "Jahangir", la venirea sa la putere). Mama sa a fost o prințesă Rajput din Marwar, numită Prințesa Jagat Gosaini (numele ei oficial în cronicile mogulilor era Bilqis Makani). Numele "Khurram" (vesel) a fost ales pentru tânărul prinț de către bunicul său, împăratul Akbar, cu care tânărul prinț era foarte apropiat.
Chiar înainte de nașterea lui Shah Jahan, un ghicitor i-ar fi prezis împărătesei Ruqaiya Sultan Begum, prima soție și principala consoartă a lui Akbar, care nu avea copii, că acest copil încă nenăscut era destinat să devină mare imperial. Așadar, când Shah Jahan s-a născut în 1592 și avea doar șase zile, Akbar a ordonat ca prințul să fie luat de lângă mama sa și predat Ruqaiya pentru ca acesta să crească sub îngrijirea ei, iar Akbar să poată îndeplini dorința soției sale de a crește un împărat Mughal. Ruqaiya și-a asumat responsabilitatea principală pentru creșterea lui Shah Jahan, iar acesta a crescut sub îngrijirea ei. Cei doi au avut o relație strânsă unul cu celălalt, Salim notând în memoriile sale că Ruqaiya l-a iubit pe fiul său [Shah Jahan ], "de o mie de ori mai mult decât dacă ar fi fost propriul [fiu]".
Shah Jahan a rămas cu ea [Ruqaiya] până când a împlinit aproape 14 ani. După moartea lui Akbar, în 1605, tânărului prinț [Khurram] i s-a permis să se întoarcă în casa tatălui său și, astfel, să fie mai aproape de mama sa biologică.