Fiver, un iepure cu darul de a vedea viitorul, care trăiește la Sandleford Warren, își vede casa distrusă în viitor de un dezvoltator imobiliar. El îl convinge pe fratele său, Hazel, să vorbească cu iepurele șef, Threarah, despre plecarea din Warren, însă iepurele șef nu are nicio intenție de a pleca. Hazel, Fiver și alți nouă iepuri pornesc atunci în căutarea unui nou cămin (la vremea respectivă, doar pe baza viselor lui Fiver că un cămin bun îi așteaptă undeva departe).
Ei călătoresc prin păduri, câmpuri, peste râuri și drumuri pline de hrududu (mașini) înainte ca oboseala să-i forțeze să se oprească la o vizuină condusă de un iepure pe nume Cowslip. După multe dezbateri, iepurii sunt de acord să rămână la vizuina lui Cowslips. Cu toate acestea, adăpostul li se pare greșit (mai ales lui Fiver) din cauza obiceiurilor ciudate ale celorlalți iepuri.
În curând, ei descoperă că acțiunile ciudate pe care le manifestă iepurii lui Cowslip se datorează faptului că aceștia sunt hrăniți și îngrijiți de un fermier pentru ca acesta să-i omoare, unul câte unul, pentru hrană. Ei părăsesc vizuina lui Cowslip, deși Bigwig aproape moare pe drum.
Ei continuă să meargă până când ajung la Watership Down, un deal înalt, departe de oameni și plin de mâncare bună și siguranță. După o zi sau două petrecute pe terenul bun pe care Fiver li-l promisese, Hazel este numită iepurele-șef neoficial al Watership Down. Cu toate acestea, Hazel își dă seama că nu există iepuroaice (iepuri femele) printre ei și că nu pot avea o turmă sănătoasă de iepuri fără iepuroaice.
Mai târziu, Hazel salvează un pescăruș mare pe nume Kehaar, care a fost rănit de o pisică. După ce îl îngrijește pe Kehaar, Keharr acceptă să ajute iepurii pentru moment, în schimbul bunăvoinței lor față de el. După ce este rugat de Hazel să verifice zona, Kehaar găsește un mare adăpost numit Efrafa la sud de poziția lor. După ce aude că Efrafa este mare și prea aglomerată, Hazel trimite patru iepuri la Efrafa pentru a-i întreba dacă ar putea să aducă înapoi câteva iepuri în vizuina lor.
Cu toate acestea, Efrafa, fiind un adăpost mare cu prea mulți iepuri, este controlată cu strictețe de un iepure pe nume General Woundwort și de marea sa armată. Fiecărui iepure i se spune când și unde are voie să mănânce, să doarmă și multe altele. Nimic nu se întâmplă fără acordul generalului, inclusiv părăsirea adăpostului. Cei patru iepuri abia fug după ce îi joacă o festă unui căpitan Efrafan.
În același timp în care cei patru iepuri se află la Efrafa, Hazel conduce un mic grup pentru a cerceta raportul lui Kehaar potrivit căruia există o fermă cu câțiva iepuri în cușcă, inclusiv iepuroaice. După câteva raiduri, iepurii din Watership scot câțiva iepuri din cușcă din fermă, dar Hazel este împușcată la ieșire. Fiver are însă o viziune unde se află Hazel, iar Hazel este găsită și readusă la sănătate.
Auzind acum cum este Efrafa, Hazel, slăbită, decide să elibereze iepurii de Efrafa. Toți iepurii din Watership călătoresc cu grijă până la marginile lui Efrafa. Prefăcându-se că este un iepure singuratic rătăcitor, Bigwig se infiltrează în Efrafa ca ofițer al Owsla lor. În secret, însă, Bigwig îi ajută pe iepuri să ajute la evadare. Îi întâlnește pe Hyzenthlay și Thethunninnang, doi does care îi spun că, dacă are un plan funcțional, ei și alți câțiva iepuri vor încerca evadarea împreună cu el.
După ce aproape au fost nevoiți să se lupte cu generalul Woundwort, Bigwig și ceilalți evadează din Efrafa cu ajutorul lui Kehaar. Bineînțeles că această evadare este observată de gărzi și, în curând, generalul însuși și mica sa armată îl prind pe Bigwig și iepurii fugari. Ei scapă doar pentru că Kehaar îl atacă pe Woundwort. Woundwort continuă să-i urmărească pe iepuri până la un pârâu, iar iepurii fug cu o barcă mică. Doi dintre ei mor în drum spre Watership Down, dar majoritatea iepurilor ajung acolo în siguranță.
Iepurii sunt bucuroși să vadă noii iepuri. Cu toate acestea, un șoarece de câmp îi avertizează pe iepuri că se apropie generalul Woundwort și o mică echipă de atac. Generalul atacă apoi adăpostul în timpul nopții, în timp ce iepurii din Watership se îndreaptă spre cele mai adânci vizuini ale lor, blocând tunelurile în încercarea de a-i ține la distanță pe Efrafani.
În timp ce se afla într-o vizuină, Fiver leșină pentru că îi vin prea multe viziuni deodată. Între timp, Hazel, are o viziune despre cum să-i oprească pe Efrafani. Hazel îi spune lui Bigwig să rămână acolo și să lupte, iar el îi scoate pe Blackberry și Dandelion din vizuină. Planul lui Hazel este de a folosi câinele de la ferma Nuthanger din apropiere pentru a-i învinge pe Efrafani.
Planul lui Hazel funcționează, însă Bigwig și Hazel sunt răniți în acest proces. Generalul Woundwort dispare, fără să mai fie văzut vreodată. Căpitanul Campion și ceilalți atacatori se întorc la Efrafa, unde Campion devine Iepurele Șef.
Hazel trăiește o viață lungă în calitate de iepure șef din Watership Down, în timp ce adăpostul său se descurcă bine și este liniștit. Fiver se recuperează, iar Bigwig devine respectatul căpitan al gărzii.
