Universitatea din Kansas a început un program de baschet masculin în 1898, după sosirea lui Naismith. Acest lucru se întâmpla la numai șase ani după ce Naismith inventase acest joc. Naismith a fost angajat ca director de capelă și instructor de educație fizică. În aceste zile de început, majoritatea meciurilor de baschet se jucau împotriva echipelor YMCA din apropiere. YMCA-urile din întreaga țară au jucat un rol foarte important în nașterea baschetului. Alți adversari obișnuiți erau Haskell Indian Nations University și William Jewell College. Cu Naismith ca antrenor, echipa a jucat doar cu trei școli Big 12 actuale: Nebraska (de șase ori), Missouri (de două ori) și Kansas State (o dată). Naismith a fost, în mod ironic, singurul antrenor din istoria programului care a avut un record de înfrângere (55-60). Cu toate acestea, Naismith l-a antrenat pe Forrest "Phog" Allen, care a preluat funcția de antrenor la Kansas. Allen a fost, de asemenea, adăugat în Basketball Hall of Fame. Când Allen a devenit el însuși antrenor și i-a spus că va antrena baschet la Universitatea Baker în 1904, Naismith i-a spus "Nu poți antrena baschet; trebuie doar să-l joci". Allen a început o carieră de antrenor care avea să-l ducă să fie cunoscut ca "părintele antrenorilor de baschet". În timpul petrecut la Kansas, Allen i-a antrenat pe Dean Smith (echipa campionatului național din 1952) și pe Adolph Rupp (echipa campionatului național din 1922 a Fundației Helms). Când Dean Smith s-a retras din funcția de antrenor principal de baschet la North Carolina, avea cele mai multe victorii din istoria baschetului universitar, al doilea era Adolph Rupp (Kentucky), iar al treilea era Allen. Cei trei antrenori s-au alăturat lui Naismith ca membri ai Basketball Hall of Fame.
Până la începutul secolului, în estul Statelor Unite existau suficiente echipe universitare pentru a se putea juca primele meciuri între diferite colegii. Deși sportul său s-a dezvoltat continuu, Naismith a considerat mult timp jocul său drept o curiozitate și a preferat gimnastica și luptele ca forme mai bune de educație fizică. Cu toate acestea, baschetul a devenit un sport demonstrativ la Jocurile din 1904 de la St. Louis, SUA. După cum relatează Basketball Hall of Fame, Naismith nu era interesat de autopromovare și nici de gloria sporturilor de competiție. În schimb, a fost mai interesat de cariera sa în domeniul educației fizice, primind o diplomă onorifică de masterat în educație fizică în 1910, a patrulat timp de patru luni la granița mexicană în 1916, în timpul Primului Război Mondial, a călătorit în Franța, a publicat două cărți ("A Modern College" în 1911 și "Essence of a Healthy Life" în 1918) și a devenit cetățean american în 1925.
În 1935, Asociația Națională a Antrenorilor de Baschet (creată de Phog Allen, elevul lui Naismith) a strâns bani pentru ca Naismith, în vârstă de 74 de ani, să poată asista la introducerea baschetului în programul oficial al Jocurilor Olimpice de vară din 1936. Acolo, Naismith a înmânat medaliile celor trei echipe nord-americane: Statele Unite, pentru medalia de aur, Canada, pentru medalia de argint, și Mexic, pentru medalia de bronz câștigată. În timpul Jocurilor Olimpice, a fost numit președinte de onoare al Federației Internaționale de Baschet. La întoarcere, Naismith a comentat că a vedea jocul practicat de multe națiuni a fost cea mai mare compensație pe care ar fi putut să o primească pentru invenția sa. În 1937, Naismith a jucat un rol în formarea Asociației Naționale de Baschet Intercolegial, care a devenit ulterior Asociația Națională de Atletism Intercolegial (NAIA).
În ultimii săi ani, Naismith a devenit profesor emerit în Kansas și s-a retras în 1937, la vârsta de 76 de ani. Incluzând anii în care a fost antrenor, Naismith a ocupat funcția de director sportiv și a fost cadru didactic al școlii pentru un total de aproape 40 de ani. Naismith a murit în 1939 după ce a suferit o hemoragie cerebrală fatală și a fost înmormântat în Lawrence, Kansas. Postum, lucrarea sa magistrală "Basketball - its Origins and Development" a fost publicată în 1941. În Lawrence, Kansas, James Naismith are un drum numit în onoarea sa, Naismith Drive, care trece prin fața Allen Fieldhouse (adresa oficială a Allen Fieldhouse este 1700 Naismith Drive), arena de baschet a Universității Kansas. Este o șosea separată, cu patru benzi, care merge de la University Drive spre nord și sud, până la capătul său de pe strada 24, chiar la sud de campusul KU. Universitatea a numit, de asemenea, terenul din Allen Fieldhouse, James Naismith Court, în onoarea sa. Naismith Hall, un cămin rezidențial al colegiului, este situat pe marginea nord-estică a străzii 19 și Naismith Drive.