Incinta mănăstirii se întinde pe o suprafață de 28 de hectare și este înconjurată de un zid de 3,4 m (11 picioare). A fost construită în secolul al XIII-lea. Unele părți ale acesteia sunt vizibile la sud și la vest de abație.
Zona este formată din trei zone concentrice care sunt tăiate de râul Skell, care curge de la vest la est de-a lungul sitului. Biserica și clădirile sale se află în centrul incintei de la nord de Skell. Curtea interioară conține clădiri domestice care se întinde până la râu și curtea exterioară. Aceasta din urmă adăpostește clădirile industriale și agricole.
Biserica originală a mănăstirii a fost construită din lemn și "probabil" avea două etaje. Cu toate acestea, a fost înlocuită rapid cu piatră. Biserica a fost avariată în atacul asupra abației din 1146 și a fost reconstruită, la o scară mai mare, pe același loc. Lucrările de construcție au fost finalizate în jurul anului 1170. Această structură, finalizată în jurul anului 1170, avea o lungime de 91 m (300 ft) și 11 travee în naosurile laterale.
Vedere a abației Fountains Abbey dinspre vest spre sud.
Casa abatelui, una dintre cele mai mari din toată Anglia, este situată la est de blocul latrinelor. Porțiuni din ea sunt suspendate pe arcuri deasupra râului Skell. A fost construită la mijlocul secolului al XII-lea ca o structură modestă cu un singur etaj. Începând cu secolul al XIV-lea, a suferit extinderi și remodelări ample. În secolul al XVI-lea, a devenit o locuință grandioasă, cu ferestre frumoase și șeminee grandioase. Sala mare era o încăpere extinsă de 52 pe 21 de metri (171 pe 69 de picioare).
Printre alte apartamente, a căror denumire este indicată în planul de ansamblu, se afla un oratoriu sau capelă domestică, cu o suprafață de 461 ⁄2 -pe 23 de picioare (14 pe 7 m), și o bucătărie, cu o suprafață de 50 pe 38 de picioare (15 pe 12 m).
