În 2002, proprietarii clubului au decis că vor să mute clubul din Londra. Nimeni nu știe cu adevărat de ce au vrut să se mute. Au spus că sunt prea multe cluburi în Londra și că nu vin destui oameni să vadă meciurile. Acest lucru însemna că nu se strângeau suficienți bani la poartă pentru a-i plăti pe toți și de aceea nu-și puteau permite să rămână. Au analizat Cardiff și Dublin înainte de a decide să se mute la Milton Keynes. Milton Keynes este un oraș nou care se află la 45 de mile (sau 75 de kilometri) la nord de Londra. Când au spus ce voiau să facă, majoritatea fanilor lor au încetat să mai plătească pentru a vedea meciurile, ceea ce a însemnat că aveau și mai puțini bani pentru a-i plăti pe toți.
Înainte ca mutarea să aibă loc, au trebuit să obțină permisiunea Asociației de Fotbal (FA). FA este asociația tuturor cluburilor de fotbal din Anglia. Cluburile aleg un comitet care decide ce să facă. Cele mai multe lucruri pe care aceștia trebuie să le decidă sunt ușoare, dar acest lucru nu a fost ușor de decis. Sau poate că știau ce trebuie să decidă, dar nu au vrut să fie ei cei care să decidă. Așa că au rugat trei oameni deștepți să studieze problema și să le spună ce ar fi cel mai bine să facă. Acești trei oameni au spus că clubul ar trebui să fie lăsat să se mute.
Unii membri ai Comitetului nu au fost de acord cu această decizie și au încercat să o oprească. Dar proprietarii Wimbledon F.C. au spus că vor pune un judecător să decidă (în instanță) dacă cineva va încerca să îi oprească. Costă foarte mulți bani să mergi la tribunal și cine pierde trebuie să plătească pentru toată lumea. Celelalte cluburi nu ar fi fost de acord să plătească dacă acest lucru s-ar fi întâmplat, așa că FA a trebuit să nu fie de acord cu această mișcare.
Dar era deja prea târziu pentru proprietarii de la Wimbledon F.C. Nu mai aveau bani. Împrumutaseră bani de la bancă pentru a continua, dar acum banca își dorea banii înapoi. Atunci când nu mai poți rambursa ceea ce ai împrumutat, se numește "faliment" și asta s-a întâmplat. Din fericire (sau din nefericire, depinde de punctul tău de vedere), grupul din Milton Keynes, care a vrut să vină prima dată, încă îi mai dorea. Așa că acest grup a rambursat o parte din bani și, în 2002, clubul s-a mutat în Milton Keynes. Au început să joace pe Stadionul Național de Hochei, de lângă gara centrală din Milton Keynes și au rămas acolo timp de doi ani, până când noul stadion a fost gata (2006).
Mulți fani ai fotbalului din Anglia nu au fost de acord cu ideea că un club se poate muta. Ei cred că un club aparține unui oraș și nu este ca un magazin de mobilă care se închide într-un oraș și se deschide în alt oraș. Un alt motiv pentru care nu le-a plăcut ideea este că le-ar plăcea să vadă propriul club intrând în Liga de fotbal. Singurul mod în care pot face acest lucru este să câștige campionatul lor regional, apoi să câștige Conferința de Fotbal. Astfel, au considerat că Milton Keynes "sare peste coadă" pentru a intra în Ligă. Din această cauză, mulți fani au refuzat să asiste ("boicotat") la orice meci pe care l-au jucat
