Aplicațiile de mesagerie instantanee au început să apară în anii 1970 pe sisteme de operare multiutilizator precum UNIX, inițial pentru a facilita comunicarea cu alți utilizatori conectați la aceeași mașină, apoi în rețeaua locală și, ulterior, pe internet. Unele dintre acestea foloseau un protocol peer-to-peer (de exemplu, talk, ntalk și ytalk), în timp ce altele necesitau conectarea colegilor la un server (a se vedea talker și IRC). Deoarece toate aceste protocoale se bazau pe o fereastră de consolă, majoritatea celor care au descoperit internetul la mijlocul anilor 1990 și l-au echivalat cu webul au avut tendința de a nu le întâlni.
În ultima jumătate a anilor '80 și la începutul anilor '90, serviciul online Quantum Link pentru computerele Commodore 64 a oferit mesaje de la utilizator la utilizator între clienții conectați în acel moment, pe care le-a numit "On-Line Messages" (sau OLM, pe scurt). Cea mai cunoscută încarnare ulterioară a Quantum Link, America Online (AOL), oferă un produs similar sub numele de "AOL Instant Messages" (AIM). În timp ce serviciul Quantum Link funcționa pe un Commodore 64, folosind doar grafica de text PETSCII a Commodore-ului, ecranul era împărțit vizual în secțiuni, iar OLM-urile apăreau ca o bară galbenă pe care scria "Message From:" și numele expeditorului, împreună cu mesajul, în partea de sus a ceea ce făcea deja utilizatorul, și prezentau o listă de opțiuni de răspuns. Ca atare, ar putea fi considerat un fel de GUI, deși mult mai primitiv decât programele de IM GUI ulterioare bazate pe Unix, Windows și Macintosh. OLM-urile erau ceea ce Q-Link numea "Plus Services", ceea ce însemna că se percepea o taxă suplimentară pe minut în plus față de costurile lunare de acces la Q-Link.
Clienții moderni de mesagerie pe internet, cu interfață grafică, așa cum sunt cunoscuți astăzi, au început să se dezvolte la mijlocul anilor 1990, ICQ (1996) fiind primul, urmat de AOL Instant Messenger (AOL Instant Messenger, 1997). Ulterior, AOL a achiziționat Mirabilis, creatorul ICQ. Câțiva ani mai târziu, ICQ (deținut de acum de AOL) a primit două brevete pentru mesageria instantanee de la biroul de brevete din SUA. Între timp, alte companii și-au dezvoltat propriile aplicații (Yahoo, MSN, Excite, Ubique, IBM), fiecare cu propriul protocol și client proprietar; prin urmare, utilizatorii trebuiau să ruleze mai multe aplicații client dacă doreau să utilizeze mai mult de una dintre aceste rețele.
În anul 2000, a fost lansată o aplicație open source și un protocol bazat pe standarde deschise numit Jabber. Serverele Jabber puteau acționa ca porți de acces la alte protocoale de mesagerie instantanee, reducând necesitatea de a rula mai mulți clienți. Clienții moderni multiprotocol, cum ar fi Pidgin, Trillian, Adium și Miranda, pot utiliza oricare dintre protocoalele de MI populare fără a fi nevoie de un server gateway.
Recent, multe servicii de mesagerie instantanee au început să ofere funcții de videoconferință, Voice Over IP (VoIP) și servicii de conferințe web. Serviciile de conferințe web integrează atât funcțiile de videoconferință, cât și cele de mesagerie instantanee. Unele companii de mesagerie instantanee mai noi oferă, pe lângă funcțiile de voce și video, și funcții de partajare a birourilor, radio IP și IPTV.
Termenul "instant messenger" este o marcă de serviciu a Time Warner și nu poate fi utilizat în software care nu este afiliat cu AOL în Statele Unite. Din acest motiv, clientul de mesagerie instantanee cunoscut anterior sub numele de Gaim sau gaim a anunțat în aprilie 2007 că va fi redenumit "Pidgin".