Nava a plecat din Ushuaia, Argentina, la 11 noiembrie 2007, într-o croazieră de 19 zile menită să urmărească traseul exploratorului Ernest Shackleton din secolul al XX-lea prin Pasajul Drake (o zonă de obicei furtunoasă, cu o mare agitată). După ce a vizitat Insulele Falkland și Insula Georgia de Sud, Explorer a lovit un obiect submersibil neidentificat în Strâmtoarea Bransfield, în apropiere de Insula King George din Oceanul Antarctic, în apropiere de Insulele Shetland de Sud, la 23 noiembrie 2007. Obiectul lovit de Explorer a provocat o gaură de 25 × 10 cm (10 x 4 inch) în partea stângă a navei, ceea ce a permis intrarea apei de mare în navă.
Un pasager a raportat prezența apei de mare în cabină în jurul orei 03:00 UTC. Deși unele rapoarte indică faptul că nu a avut loc niciun impact vizibil, sau cel puțin nimic mai mult decât pocnetul normal de gheață experimentat atunci când se navighează prin apele înghețate, alte rapoarte spun că a avut loc o bubuitură puternică. Unele rapoarte indică, de asemenea, că nava a intrat în derivă într-un aisberg pe partea de tribord a Explorer în timp ce echipajul evalua pagubele provocate de impactul inițial pe partea de babord a navei.
Un apel de ajutor a fost lansat de navă la ora 04:24 UTC, iar operațiunile de salvare au fost coordonate rapid de Prefectura Naval (Corpul Pazei de Coastă) din Republica Argentina și de Centrul de căutare și salvare al Marinei chiliene. Chile a trimis spărgătorul de gheață Almirante Viel și navele comerciale din apropiere, inclusiv MN Ushuaia, National Geographic Endeavor și nava norvegiană Coastal Express MS Nordnorge, care funcționa ca navă de croazieră pentru pasageri în acel moment. Până la ora 07:30 UTC, toți cei 91 de pasageri, 9 ghizi și 54 de membri ai echipajului, din peste 14 țări , au părăsit nava și s-au urcat pe plutele de salvare, unde au plutit în derivă timp de trei-patru ore, până când au fost preluați de nava norvegiană MS Nordnorge, care a sosit la fața locului la ora 10:00 UTC. Se crede că Explorer s-a scufundat în jurul orei 19:00 UTC. În mod întâmplător, la începutul anului 2007, nava MS Nordnorge a fost implicată într-o altă operațiune de salvare din Antarctica, când a evacuat 294 de pasageri de pe o navă soră, MS Nordkapp, care a eșuat pe Insula Deception, o parte a aceluiași arhipelag îndepărtat al Insulelor Shetland de Sud.
Unii dintre cei salvați de Nordnorge au fost duși la stația chiliană Eduardo Frei Montalva de pe insula King George. Ulterior, aceștia au fost transportați cu avioane de transport C-130 Hercules ale Forțelor Aeriene chiliene la Punta Arenas, Chile, în două zboruri separate, sâmbătă, 24 noiembrie, și duminică, 25 noiembrie 2007. Aproximativ 70 dintre supraviețuitori au fost duși la baza Artigas din Uruguay. Explorer s-a scufundat în 20 de ore, după ce a lovit un obiect submersibil necunoscut, despre care s-a raportat că ar fi gheață.
