Guede a fost judecat în Italia în octombrie 2008. A fost găsit vinovat și condamnat la 30 de ani de închisoare.
Knox și Sollecito au fost, de asemenea, judecați. Sollecito a fost trimis la închisoare pentru 25 de ani, iar Knox pentru 26 de ani. Amândoi au făcut apel la sentințe.
Procurorii au declarat că Guede, Knox și Sollecito au ucis-o împreună pe Kercher. Avocații lui Knox și Sollecito au declarat că Guede a ucis-o singur, iar câteva ore mai târziu a dezbrăcat-o și a mutat cadavrul. În perioada iunie-noiembrie 2009, avocații lor au prezentat probe și martori care să susțină teoria "lupului singuratic", potrivit căreia Guede a ucis-o pe Kercher și ulterior a dezbrăcat-o și i-a mutat cadavrul departe de fereastra dormitorului ei din casa în care locuia cu Knox.
Guede susținuse că fusese invitat la casa ei, ca o întâlnire planificată cu Kercher de Halloween. În timp ce se afla în casa ei, el a susținut că i s-a făcut rău și, în timp ce se afla în baie, a auzit un țipăt puternic. În povestea sa, Guede a susținut că a văzut un bărbat italian cu părul șaten care ținea un cuțit în mână, deasupra lui Kercher, pe podeaua din camera ei. Apoi a susținut că bărbatul s-a luptat cu el și a fugit din casă, spunând într-o italiană perfectă: "Trovato negro, trovato colpevole" ("găsit negru, găsit vinovat"). Guede a declarat că a încercat să o ajute pe Kercher, deoarece sângera rapid, dar s-a speriat și a fugit din casă, fără să cheme poliția sau pe altcineva în ajutor. Guede le-a spus oficialilor că Kercher era complet îmbrăcată când a fost înjunghiată și că a lăsat-o cu plapuma și perna pe patul ei. Cu toate acestea, martorii și experții CSI, de la Poliția Criminalistică din Roma, au prezentat dovezi care au contrazis povestea lui Guede despre acea noapte:
· Guede a susținut că Kercher s-a întâlnit cu el de Halloween, dar prietenii ei au declarat că au fost la petreceri cu ea și niciunul dintre ei nu a văzut-o vorbind cu Guede.
· Guede a susținut că Kercher era complet îmbrăcată când a fost înjunghiată, dar petele de sânge de pe pielea ei au indicat că tricoul ei era tras deasupra sutienului când a fost înjunghiată.
· Guede a susținut că perna albă a rămas pe pat, dar a fost găsită sub cadavru, marcată cu amprenta pantofului său stâng (de la pantofii de tenis Nike Outbreak 2) și cu amprenta palmei sale în sânge.
· Guede a susținut că nu s-a întors să dezbrace și să mute cadavrul, dar sutienul și curea de sutien tăiată aveau ADN care se potrivește cu profilul genetic ADN al lui Guede, de asemenea pe corp și în geantă.
· Guede a susținut că nu el a spart fereastra de la etaj din al treilea dormitor, dar cu doar 5 zile înainte fusese prins după orele de program într-o școală din Milano, cu un computer portabil și un telefon mobil furate dintr-un birou de avocatură jefuit cu o piatră prin spargerea unei ferestre de la etaj.
· Guede a susținut că nu a înjunghiat-o pe Kercher, dar când a fost prins în interiorul școlii din Milano, la 27 octombrie 2007, poliția locală i-a percheziționat rucsacul și a găsit un cuțit de bucătărie furat din bucătăria școlii.
La procesul lui Guede, judecătorul și juriul nu au crezut afirmațiile lui Guede și l-au condamnat pentru crimă. A fost prins deoarece amprenta palmei sale de pe pernă corespundea cu cea din dosarul său de la poliție, inclusiv cu incidentul de la școala din Milano, când poliția din Milano îl eliberase cu doar 5 zile înainte de crimă. Guede a fost condamnat la 30 de ani de închisoare, dar această pedeapsă a fost redusă la 16 ani după primul proces de apel.
Într-un proces separat, atât Knox, cât și Sollecito au fost judecați pentru crimă, dar probele au fost mult mai puține decât în cazul lui Guede. Niciun martor nu a declarat că i-ar fi văzut sau auzit pe Knox sau Sollecito intrând sau ieșind din casă în acea noapte. De asemenea, cantitățile mici de ADN care îi leagă pe cei doi de crimă au fost în cantități atât de mici încât ar putea fi considerate contaminare, iar astfel de cantități mici de ADN sunt inadmisibile în timpul proceselor în instanțele penale britanice sau americane. Deși fuseseră găsite numeroase amprente de pantofi care se potriveau cu pantoful Nike al lui Guede, nu existau amprente de pantofi care să se potrivească cu niciunul dintre pantofii pe care poliția îi luase din casele lui Knox și Sollecito. Principalele probleme cu privire la aceștia erau că au spus lucruri care păreau suspecte:
· Knox a scris o declarație, în timpul interogatoriului poliției, în care își amintea vag că a mers la casa cu șeful ei de la serviciu, dar credea că este o amintire falsă, sugerată sub presiunea poliției.
· Knox a declarat că, în a patra zi de întrebări, poliția a ținut-o trează toată noaptea, fără mâncare, apoi a țipat, a lovit-o și a amenințat-o că o va băga în închisoare pentru 30 de ani dacă nu va da numele cuiva. Cu toate acestea, polițiștii au declarat că nu au bruscat-o și, în schimb, că Knox a început să plângă și a mărturisit că a fost în casă.
· În ziua în care a fost descoperit cadavrul, când a sosit poliția poștală, Knox și Sollecito au declarat că au sunat la poliție, dar înregistrările telefonice indică faptul că apelul a fost făcut la câteva minute după ce au sosit, nu înainte.
· Sollecito, atunci când a sunat la poliție, a declarat că a avut loc o spargere fără să se fi luat nimic, chiar dacă ceilalți colegi de apartament nu se întorseseră pentru a-și număra bunurile.
· Amândoi au afirmat că au rămas peste noapte în casa cu două etaje a acestuia, dar nu au putut confirma ce făcea celălalt la parter sau dacă unul dintre ei a plecat.
· Sollecito a declarat poliției că tatăl său l-a sunat acasă în jurul orei 23.00. Cu toate acestea, înregistrările telefonice au arătat ulterior că nu a primit un astfel de apel.
Deoarece niciun alt martor nu a putut confirma că cei doi au stat în casa lui Knox în timpul crimei din casa lui Knox, ambii au fost trimiși în judecată. Probele împotriva lor au fost foarte limitate:
· Un bărbat, Hekuran K., a susținut că i-a văzut pe toți trei pe o stradă ploioasă din apropierea casei în acea noapte și că s-a certat cu ei, dar că ploaia a fost de Halloween, în schimb, în noaptea precedentă. Când a fost întrebat de unde știa la ce oră s-au certat, el a spus că a verificat ceasul mașinii, dar a observat că era stricat. Când a fost întrebat dacă a vorbit cu reporterii, a spus nu, apoi da.
· Un alt martor, un om al străzii, Antonio C., a declarat că i-a văzut pe Knox și Sollecito vorbind într-o piață din apropierea casei în acea noapte, la ora 23:00-23:30, cronometrat de un ceas din apropiere, dar în declarația sa inițială, el a spus că alte persoane din apropiere purtau măști, ca de Halloween, în noaptea precedentă.
· Înregistrările informatice arată că computerul lui Sollecito a fost folosit la ora 21:10 și că acesta locuia la cel puțin 10 minute de piața orașului.
· Un expert în amprente a afirmat că o amprentă de pantof de pe perna patului era de mărimea lui Knox, dar modelul nu se potrivea cu niciunul dintre cei 22 de pantofi ai acesteia, iar atunci când perna a fost pliată, acea amprentă de pantof se potrivea exact cu pantofii Nike ai lui Guede.
· S-a afirmat că o urmă parțială de sânge de pe covorul de baie din apropiere se potrivea cu piciorul lui Sollecito, dar experții au declarat că era atât de vagă încât se potrivea și cu piciorul lui Guede.
· În camera lui Kercher nu au fost găsite fire de păr, fibre de îmbrăcăminte, piele sau amprente ale lui Knox sau Sollecito.
· Nu au fost găsite haine, pantofi sau cuțite pătate de sânge în niciuna dintre casele lor sau în mașina lui Sollecito.
· S-a afirmat că un cuțit luat din bucătăria lui Sollecito, cu ADN-ul lui Knox pe mâner, se potrivea cu o urmă de ADN al lui Kercher lângă vârf, dar cuțitul era prea mare pentru a fi făcut două dintre cele trei răni prin înjunghiere și a fost testat negativ pentru reziduuri de sânge oriunde.
Atunci când Knox a fost condamnată în primul proces, verdictul a fost pus sub semnul întrebării de unii ca fiind "antiamericanism", însă Sollecito a fost condamnat în același timp.