SUNY este condusă de un consiliu de administrație, format din șaisprezece membri, dintre care cincisprezece sunt numiți de guvernator, cu acordul Senatului statului New York. Cel de-al șaisprezecelea membru este președintele Adunării studenților SUNY. Consiliul de administrație îl numește pe cancelar, care îndeplinește funcția de director executiv al SUNY. Cancelarul SUNY este Nancy L. Zimpher.
Statul New York contribuie la finanțarea sistemului SUNY, care, împreună cu CUNY, oferă locuitorilor din acest stat o educație universitară cu costuri mai mici. Studenții SUNY provin, de asemenea, din afara statului și din 171 de țări străine. Studenții din afara statului și din străinătate plătesc taxe de școlarizare mai mari decât studenții din statul New York. Deși taxele de școlarizare sunt mai mari pentru acești studenți nerezidenți, școlarizarea lor este subvenționată de banii contribuabililor din statul New York.
Pentru anul universitar 2010-2011, costurile de școlarizare la școlile SUNY pentru o diplomă de licență sunt mai puțin de două treimi din costul celor mai multe alte instituții de învățământ superior de stat din SUA. Taxa de școlarizare la Universitatea de Stat din New York din Buffalo pentru o diplomă de licență este de 7.772,75 dolari pe semestru sau 15.545,50 dolari pe an pentru studenții nerezidenți. Taxa de școlarizare pentru studii universitare de licență pentru studenții nerezidenți la Universitatea din Maryland este de 24.830,44 dolari pe an. Taxele de școlarizare și taxele pentru studenții nerezidenți la Universitatea din Oregon sunt de 25.830,00 dolari pe an.
Există o mare varietate de colegii în sistemul SUNY, cu o anumită suprapunere a specialităților de la un loc la altul. SUNY își împarte campusurile în patru categorii distincte: centre universitare/instituții de acordare de doctorate, colegii universitare, colegii tehnologice și colegii comunitare. SUNY are, de asemenea, o relație unică cu colegiile sale statutare care înglobează colegiile finanțate de stat în cadrul altor instituții, cum ar fi Universitatea Cornell și Universitatea Alfred. Studenții de la colegiile statutare beneficiază de taxe de școlarizare subvenționate de stat, beneficiind în același timp de toate facilitățile vieții de campus ale instituțiilor gazdă.
SUNY și City University of New York sunt sisteme universitare complet diferite. (Cu toate acestea, ambele sunt instituții publice care primesc finanțare din partea statului New York). De asemenea, SUNY nu trebuie confundată cu University of the State of New York (USNY), care este organizația guvernamentală umbrelă pentru majoritatea instituțiilor din domeniul educației și pentru numeroase persoane din domeniul educației (atât publice, cât și private) din statul New York și care include, ca o componentă, Departamentul de Educație al statului New York.
Reprezentarea studenților
În anii 1970, studenții au cerut să fie reprezentați prin vot în consiliile de administrație ale colegiilor SUNY. În 1971, legislativul de stat a adăugat cinci studenți cu drept de vot în Consiliul de administrație al Cornell. În 1975, legislativul a adăugat un loc de student fără drept de vot în consiliile de administrație ale tuturor unităților SUNY. Două scrisori de opinie ale Procurorului General al statului New York au redus drepturile parlamentare ale membrilor studenți de a participa la ședințe. Aceste documente indicau faptul că membrii studenți nu erau de fapt funcționari publici. Din acest motiv, procurorul general a declarat că studenții ar putea fi trimiși în judecată pentru deciziile lor. În 1977, o altă modificare legislativă a făcut ca membrii studenți ai consiliilor și consiliilor de administrație din SUNY să fie supuși Legii privind funcționarii publici din New York sau Legii municipale generale din New York și a acordat reprezentanților studenților competențe parlamentare de a propune sau de a susține moțiuni și de a introduce puncte pe ordinea de zi a organismelor. În cele din urmă, legislativul a acordat drepturi depline de vot membrilor studenți în 1979, astfel încât studenții din toate unitățile SUNY au reprezentanți cu drept de vot, cu excepția Colegiului de Științe ale Mediului și Silvicultură al NYS. În cele din urmă, în 1986, legislativul a acordat dreptul de vot și reprezentantului studenților din acest colegiu.