Arcul de poveste 2001-2008 al Bionicle a fost plasat într-o lume științifico-fantastică locuită predominant de ființe parțial organice, parțial mașini, într-o lume subterană, care există în domuri masive sub pământ. Această lume (supranumită "Universul Matoran") și rasele sale au fost cândva protejate de un Mare Spirit numit Mata Nui, până când acesta a fost aruncat într-un somn etern de către maleficul Makuta Teridax și Frăția lui Makuta. Lumea Matoranilor a început să se destrame. Dar masca de viață care era stocată în interiorul lui Mata Nui a fost trimisă în spațiu pentru a găsi o nouă planetă. Masca a aterizat pe planeta Bara Magna și masca a creat un mic corp.
În 2009 a început o nouă saga a poveștii, lăsând în urmă anii precedenți și aventurându-se spre noi posibilități, în timp ce Mata Nui, după ce a fost alungată de Makuta Teridax, aterizează de urgență pe o planetă misterioasă și stearpă, numită Bara Magna. Aici el devine centrul poveștii și își face noi aliați în timp ce încearcă să găsească o cale de a-i salva pe Matoran și pe Toa de sub dominația tiranică a lui Makuta Teridax.
2001 - Căutarea măștilor
Povestea începe cu șase Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu și Onua, care ajung pe o insulă cunoscută sub numele de Insula Mata Nui, fără să-și amintească nimic în afară de numele lor. Ei au descoperit că locuitorii, sătenii Matoran, se confruntă cu atacuri constante din partea Rahi infectați, fiare sălbatice controlate de influența puternică a lui Makuta Teridax prin folosirea măștilor Kanohi infectate, provocând un război care a durat aproximativ 1000 de ani. După ce au căutat și găsit numeroase măști Kanohi, Toa primesc fiecare o mască Kanohi de aur cu o putere imensă și îl caută pe Makuta însuși. După ce îi provoacă pe ferocele crabi Manas și pe Toa din umbră (replici iluzorii malefice ale Toa ), Toa îl înfruntă pe Makuta și îl învinge prin unirea puterilor lor elementare.
2002 - roiurile Bohrok
După înfrângerea sa, Makuta l-a eliberat pe străvechiul Bohrok. Bohrok sunt drone robotizate care au fost concepute pentru a "curăța" insula Mata Nui până la starea ei "de dinainte de timp". Bohrok a început să sfâșie satele de pe insulă, forțându-i pe Matoran să fugă. Un Matoran inventiv de pe Pământ, Nuparu, construiește un vehicul puternic numit Boxor, realizat din părți ale unui Bohrok avariat, pentru a lupta împotriva roiurilor. Toa, fără să știe care este scopul Bohrok-ului, a colectat Krana Bohrok-ului (creaturi asemănătoare unor măști care funcționează ca și creierul lor) pentru a le înfrunta pe reginele Bohrok, Bahrag: Cahdok și Gahdok. Cahdok și Gahdok, înfrânte, sunt sigilate într-o închisoare creată de puterile elementare ale Toa. Toa Mata sunt apoi expuși la o substanță numită Protodermis Energizat, care îi transformă, acordându-le noi armuri și arme. Ei se redenumesc pe ei înșiși "Toa Nuva".
2003 - Lovitura Bohrok-Kal și masca de lumină
După ce Cahdok și Gahdok au fost înfrânți, roiurile Bohrok sunt oprite și se întorc în stupii lor. Cu toate acestea, șase noi Bohrok de elită, numiți Bohrok-Kal, au apărut cu scopul de a-i elibera pe Bahrag. Ei au procedat apoi la furtul puterilor Toa Nuva, care sunt cheia pentru a rupe sigiliul. În pragul înfrângerii, Toa își forțează toate puterile în Bohrok-Kal, suprasolicitându-i și învingându-i.
La scurt timp după aceea, doi Matoran, Takua și Jaller, au descoperit Masca de lumină Kanohi. Ei au fost însărcinați să călătorească pe insula Mata Nui pentru a-l găsi pe Toa al Luminii. Între timp, Makuta a creat și a trimis șase creaturi numite Rahkshi pentru a găsi masca și a opri venirea Toa de Lumină. Rahkshi au străbătut Mata Nui, distrugând satele Ta-Koro și Onu-Koro. Rahkshi au fost opriți de Toa, dar nu înainte de a-l ucide pe Jaller. Moartea lui Jaller l-a făcut pe Takua să realizeze că era Toa al Luminii și a îmbrăcat masca pentru a deveni Toa Takanuva. Takanuva a mers să-l înfrunte pe Makuta și, în timpul luptei lor, amândoi au căzut într-o baltă de protodermă energizată, o substanță argintie cu puterea de a schimba sau distruge o ființă, și au fuzionat împreună în ființa Takutanuva. Takutanuva a procedat apoi la deschiderea ușii orașului Metru Nui, permițând Matoranilor și Toa să treacă. Folosindu-și o parte din energia vitală, l-a reînviat pe Jaller în timp ce încă ținea ușa deschisă. Cu toate acestea, utilizarea energiei a fost prea mare și Takutanuva a fost strivit de ușă, părând să-i ucidă atât pe Takanuva cât și pe Teridax, lăsând doar Masca de Lumină a lui Takanuva. Takanuva a fost prompt reînviat când masca sa a fost folosită pentru a activa baliza către Metru Nui. După aceea, Matoranii s-au pregătit să se întoarcă în orașul insular Metru Nui.
2004 - Legendele lui Metru Nui
În timp ce Matoranii se pregăteau să călătorească spre Metru Nui, Turaga (bătrânii satului) au dezvăluit că au fost cândva Toa, luptând în Metru Nui împotriva unor amenințări precum creatura vegetală Morbuzakh și echipele de execuție Vahki controlate de Dume. Ei, în calitate de Matoran, au fost transformați în Toa Metru de către pietre Toa care conțineau putere sacrificate de Toa Lhikan. Misiunea lor era să găsească cele șase Mari Discuri și să învingă Morbuzakh, o amenințare vegetală care amenința să distrugă orașul. Când au reușit, însă, au fost trădați de Dume, Turaga orașului. Mai târziu, au descoperit că Makuta Teridax a luat deghizarea lui Dume și a preluat controlul Vahki (roboți de aplicare a legii). Planul său era să-i adoarmă pe Matoran, să le șteargă amintirile și să-i trezească din nou "ca pe cuceritorul lor". Toa au fugit, dar au fost atacați de Teridax. Combinându-și puterile elementare, au reușit să-l închidă pe Teridax într-o închisoare de protodermă cristalizată. Toa au călătorit pe o nouă insulă, care mai târziu va fi cunoscută sub numele de Mata Nui, jurând să se întoarcă pentru a-i salva pe Matoran.
2005 - Pânza de umbre
Ei se întorc. Cu toate acestea, regele malefic Sidorak și viceregele său Roodaka au domnit pe insulă, cu niște creaturi vicioase asemănătoare unor păianjeni, numite Visorak. În curând, Toa au fost capturați și transformați în Toa Hordika bestiali. Pentru a reveni la normal, Toa l-au căutat pe legendarul Rahi Keetongu. Toa Vakama, însă, i-a trădat pe ceilalți Toa și s-a alăturat lui Sidorak, care l-a făcut lider al Visorak. Ceilalți Toa au înfruntat hoarda Visorak într-o mare bătălie și l-au convins pe Vakama să li se alăture. Vakama a ordonat apoi ca Visorak să fie liberi. Keetongu l-a ucis apoi pe Sidorak, pe care Roodaka și Vakama l-au trădat. Cei șase Toa l-au învins apoi pe Roodaka cu toate cele șase puteri elementare ale lor. Totuși, acest lucru a avut ca efect secundar eliberarea lui Makuta, deoarece Roodaka purta un fragment din închisoarea sa. Toa a lovit-o din acest motiv. După ce au fost restaurați de Keetongu, Toa Metru i-a adus pe Matoran pe o nouă insulă. Când și-au sacrificat puterea pentru a trezi Matoranii, aceștia au devenit Turaga, iar mai târziu au înființat noi sate pe această insulă numită Mata Nui.
2006 - Insula de Doom
Toa Nuva a aflat că Mata Nui nu numai că dormea, dar era și pe moarte. Pentru a-l salva, ei trebuie să călătorească pe insula Voya Nui și să caute misterioasa Kanohi Ignika, Masca Vieții. Toa Nuva pornesc în această aventură, dar sunt rapid luați prizonieri de șase inamici noi și puternici, Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak și Avak. Aceștia au căutat masca pentru propriile lor scopuri întunecate. Când Toa nu s-au mai întors, un grup de șase Matoran i-a urmărit. Jaller, Hahli, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu și Matoro au fugit pe insulă în canistre Toa, dar în timp ce călătoreau, fulgerele de lumină de la Steaua Roșie i-au transformat în Toa Inika. La sosirea lor, au aflat despre Piraka și despre cum i-au înrobit pe Matoranii locali dându-se drept falși Toa, pentru a-i determina pe Matoran să le construiască o fortăreață. Cu ajutorul unei mici Rezistențe Matoran și a gardianului antic Axonn, Toa Inika au reușit să îl elibereze pe Toa Nuva, să găsească templul măștii și să lupte cu Piraka, precum și cu celelalte creaturi care îl păzeau. În cele din urmă au ieșit victorioși împreună cu Kanohi. Dar Masca Vieții poseda o voință proprie și, în ultima clipă, i-a evitat pe toți, năpustindu-se în adâncurile mării.
2007 - Marea Întunericului
În urma urmăririi Măștii Vieții, Toa Inika a coborât în ape după ce a primit misteriosul indiciu "salvați orașul scufundat" de la un Matoran necunoscut, care l-a salvat pe Hahli de la înec cu prețul morții sale din cauza bolii de decompresie[14].[14] O explozie de energie de la Masca Vieții i-a transformat pe Toa Inika în forme care respiră apă. Ei au descoperit un sat locuit de Mahri Nui care se desprinsese din Voya Nui și se scufundase cu o mie de ani în urmă. Satul era amenințat de vechii războinici cunoscuți sub numele de Barraki, care au fost mutați de apele mutagene din apropiere, numite "Groapa". Toa, cunoscut acum sub numele de Toa Mahri, s-a confruntat cu Barraki pentru a supraviețui. Cu toate acestea, până când Toa a recuperat masca, Marele Spirit a murit. Dându-și seama că mai exista încă o speranță, Toa Matoro s-a repezit în centrul universului și și-a sacrificat viața pentru a o reînvia pe Mata Nui. În ultimele clipe ale vieții sale, Toa Matoro a folosit puterea măștii pentru a-i teleporta pe Toa Mahri înapoi pe Metru Nui și pentru a le permite să respire din nou aer. Viața Marelui Spirit a fost salvată, dar tot trebuia să fie trezit.
2008 - Bătălia finală
După ce au primit noi armuri și arme de la Artakha, Toa Nuva a ajuns la Karda Nui, nucleul universului. Acolo, au ajuns să se confrunte cu Makuta, care încerca să transforme populația de Av-Matoran - Matoran ai Luminii - în Matoran ai Umbrei. Toa Nuva au fost ajutați de sosirea lui Takanuva, acum capabil să controleze Lumina și Umbra datorită unui atac cu lipitori de umbră, și de Toa Ignika, care este însăși Masca Vieții. Kanohi Ignika își făcuse un corp pentru că dorea să vadă cum este să fii o ființă vie. Cu forțele lor combinate, au ajuns la o structură din centrul Karda Nui numită Codrex, unde Toa Ignika a trebuit să-și sacrifice noul corp pentru a o trezi pe Mata Nui. Takanuva, cu ajutorul Av-Matoranilor Av-Matoran necorupți rămași, i-a readus pe Matoranii din Umbră la starea lor anterioară. La scurt timp după aceea, Toa au scăpat din nucleu înainte ca furtuna de energie provocată de trezirea lui Mata Nui să îi distrugă. Makuta, însă, nu au reușit să scape și au fost uciși cu toții. Înapoi în Metru Nui, trezirea lui Mata Nui a fost sărbătorită, dar celebrarea a fost întreruptă când s-a aflat că Teridax a preluat corpul lui Mata Nui, dezvăluit a fi universul Matoranilor. Prinzând spiritul lui Mata Nui în Masca Vieții, el a trimis-o să zboare în spațiu, astfel încât fostul Mare Spirit să nu poată interfera cu controlul său asupra universului.
2009 - Legenda renaște
Povestea Bionicle continuă după ce Mata Nui a fost alungat din corpul său de Makuta Teridax, pe o planetă numită Bara Magna. Cu excepția câtorva specii de animale sălbatice, Bara Magna este o planetă deșertică și stearpă, care nu susține decât puține resurse, așa că fiecare trib de pe planetă are câțiva războinici, numiți Glatorian, care luptă pentru ei. Aceste resurse, cum ar fi hrana și apa, sunt distribuite în mod corespunzător. Sătenii acestei lumi sunt cunoscuți sub numele de Agori. Împreună, Agori formează șase triburi diferite, fiecare afiliat unei regiuni. După ce Masca Vieții aterizează pe Bara Magna, aceasta creează un corp pe care Mata Nui îl poate folosi. Mata Nui face apoi echipă cu câțiva Glatorian pentru a învinge forțele combinate ale Skrall și Vânătorilor de Oase, două amenințări majore pentru sate, și caută o modalitate de a se întoarce în corpul său. Cu ajutorul noilor săi prieteni Glatorian și Agori, el demască un trădător cunoscut sub numele de Metus și îi învinge pe Skrall și pe Vânătorii de Oase. El ajută satele lumii să se unească, luând toate bucățile gigantice de robot și legându-le într-un mare prototip de corp robotic, un corp asemănător cu cel în care locuiește Universul Matoran.
2010 - Sfârșitul călătoriei
După ce i-a învins pe Skrall și a văzut cum restul satelor se unesc, Mata Nui se confruntă cu provocarea de a-și lua înapoi vechiul corp de la Teridax. El află că a fost creat de către Marile Ființe pe planeta Spherus Magna, care este acum împărțită într-o lună junglă (Bota Magna), o lună ocean (Aqua Magna) și planeta deșertică rămasă (Bara Magna), ca urmare a Războiului Nucleului. Mata Nui află, de asemenea, că înainte de a fi construit, a existat un robot anterior, pe care Agori îl folosesc ca locuință. Un Agori din Tesara, pe nume Tarduk, îl ajută pe Mata Nui, arătându-i o sursă de energie străveche care ar putea alimenta vechiul robot.
În această ultimă călătorie, doi eroi se întorc pentru a termina lupta: Tahu, revenit la forma sa originală pentru a purta puternica Armură de Aur, și Takanuva. Ei sunt ajutați de Gresh. Ei se luptă cu Stăpânul Războiului Skakdi, Nektann pentru a-l învinge pe Makuta și armata sa; hoardele de Rahkshi, înarmați cu viziune termică; și Skrall.
Povestea continuă în timp ce forțele din Universul Matoran și Glatorian se confruntă cu atacul lui Skakdi, Rahkshi și Skrall. Armura de aur, împrăștiată de explozia lui Makuta, este colectată de Tahu, Gresh și Takanuva de la numeroșii inamici. Tahu îl învinge pe Nektann, războinicul Skakdi, apoi îmbracă armura, care incinerează fiecare Rahkshi Kraata de pe Bara Magna.
Teridax pretinde că va distruge Bara Magna cu energie gravitațională, până când Mata Nui îi forțează brațul în sus, făcându-l pe Teridax să trimită unda de energie spre lunile de deasupra. Mata Nui îl împinge pe Teridax înapoi într-una dintre lunile care se năpustesc, luna verde a lui Bota Magna, al cărei impact îi distruge procesorul central, ceea ce îl ucide pe Teridax. Mata Nui își plânge apoi fratele pe care l-ar fi putut avea, în mintea sa.
Finalul se încheie atunci când Mata Nui își folosește forța și puterea Măștii Vieții pentru a reuni din nou Spherus Magna, pentru a-i vindeca pe cei care au fost mutați de Pit Mutagen, pentru a readuce viața pe planetă și pentru a reconstrui caracteristicile geografice distruse. Tensiunea face ca miezul său de energie să se disipeze, distrugând prototipul robotului. Când Glatorian și Toa descoperă Ignika nevătămat în locul în care se afla Mata Nui, Mata Nui le vorbește din interiorul Măștii Vieții. El le spune că viitorul este al lor și că ei sunt cei care trebuie să-l construiască. Apoi rămâne latent în Ignika. Agori, Matoran, Toa, Glatorian și toți ceilalți încep o nouă viață pe Spherus Magna.
Viitorul lui Bionicle
Linia de jucării Bionicle s-a încheiat la sfârșitul anului 2009, după ce seturile din 2010 au fost finalizate pentru lansare, și a fost înlocuită în vara anului 2010 de Hero Factory, o temă Lego compatibilă cu seturile Bionicle. Dar, în ciuda acestui fapt, povestea continuă în seriale scrise de Greg Farshtey online pe BIONICLEstory.com.
