Miserere mei, Deus este un motet scris pentru a fi cântat de două coruri. Un cor este format din cinci voci - soprană, alto, doi tenori și bas. Al doilea cor are două soprane, alto și bariton. Unul dintre coruri cântă un fel de melodie simplă numită fauxbourdon, care se bazează pe un plainchant. Celălalt cântă o versiune mai complicată, cu o parte superioară care urcă până la do de sus (nota cu două octave mai mare decât do mijlociu). De asemenea, cântăreții au improvizat unele părți ale muzicii, alcătuind părți ornamentate elaborate. Aceste improvizații nu erau scrise, ci erau transmise de la un cântăreț la altul din cor.
Allegri a scris Miserere pentru a fi cântat în Capela Sixtină în timpul sărbătorilor pascale. În timpul slujbei, care începea la ora 3.00 dimineața, ardea 27 de lumânări. Papa stingea treptat lumânările până când rămânea doar una aprinsă. Miserere era interpretat în timp ce papa se ruga la altar cu o singură lumânare.
Această piesă muzicală a devenit foarte populară, iar Vaticanul nu a vrut ca nimeni altcineva să o interpreteze. Nimeni nu avea voie să ia muzica din capelă sau să facă copii ale acesteia. Vaticanul a cerut excomunicarea oricărei persoane care încerca să facă o copie. Cu toate acestea, până în 1770 existau trei copii cunoscute ale muzicii. Una dintre acestea a fost dăruită împăratului Leopold I de către papă. Wolfgang Amadeus Mozart a vizitat Capela Sixtină în timpul unui turneu în Europa împreună cu tatăl său în 1770. Avea doar 14 ani, dar a auzit piesa și a scris toată muzica din memorie mai târziu în aceeași zi. O a doua vizită i-a permis să verifice dacă a scris-o corect. Se crede că copia muzicii lui Mozart a fost trimisă în Anglia, unde a fost publicată de Dr. Charles Burney. Se presupune că Mozart ar fi scris improvizațiile în copia sa. Versiunea lui Burney nu conține improvizațiile, așa că este posibil ca el să le fi eliminat și să fi distrus copia lui Mozart pentru a evita problemele cu biserica. În acele vremuri nu existau legi privind drepturile de autor, așa că Vaticanul nu putea face nimic în această privință.
Se crede că versiunea Miserere mei Deus interpretată astăzi este foarte diferită de cea compusă de Allegri.
