În timpul vieții Ioanei, religia din Franța a fost un câmp de luptă între biserica catolică și calvinismul protestant al hughenoților.
În materie de religie, Jeanne a fost influențată de mama sa, în direcția reformei religioase, a gândirii umaniste și a libertății individuale. Jeanne s-a convertit la calvinism în ziua de Crăciun a anului 1560. Această convertire a transformat-o în cea mai importantă protestantă de rang înalt din Franța.
În urma impunerii calvinismului în regatul său, preoții și călugărițele au fost alungați, bisericile catolice au fost distruse, iar ritualurile catolice interzise. Ea a comandat traducerea Noului Testament în limbile bască și bearneză în beneficiul supușilor săi.
A fost descrisă ca fiind "mică de statură, fragilă, dar dreaptă". Era foarte inteligentă, dar austeră și îndreptățită. Agrippa d' Aubigné, cronicarul hughenoților, a descris-o pe Jeanne ca având "o minte suficient de puternică pentru a conduce cele mai înalte afaceri".
Pe lângă reformele sale religioase, Jeanne a lucrat la reorganizarea regatului său, realizând reforme de lungă durată în sistemele economice și judiciare ale domeniilor sale.
Jeanne a murit la Paris din cauza unei febre (probabil o boală infecțioasă) la vârsta de 44 de ani.