Rivalitatea dintre Margareta și ducele de York
După ce s-a retras din Londra pentru a trăi în luxos la Greenwich, Margareta s-a ocupat de îngrijirea fiului ei cel mic și nu a dat semne de voință politică până când a crezut că soțul ei era amenințat cu destituirea de către ambițiosul Richard de York, al treilea Duce de York, care, spre consternarea ei, fusese numit Lord Protector în timp ce Henric se afla în incapacitate mentală între 1453 și 1454. Ducele era un pretendent credibil la tronul englezesc și, până la sfârșitul perioadei de protecție, existau mulți nobili puternici și rude pregătite să îi susțină pretențiile. Ducele de York era puternic; consilierii lui Henric erau corupți; Henric însuși era încrezător, maleabil și din ce în ce mai instabil; Margareta, sfidător de nepopulară, era hotărâtă în mod sumbru și galant să mențină coroana engleză pentru urmașii ei. Cu toate acestea, cel puțin un cercetător identifică ca sursă a eventualului declin al familiei Lancaster nu atât ambițiile lui York, cât dușmănia nechibzuită a Margaretei față de York și excesul ei de indulgență față de aliații nepopulari. Cu toate acestea, regina Margareta a fost o forță puternică în lumea politică. Regele Henric era ca o plastilină în mâinile ei atunci când dorea să facă ceva.
Cu toate acestea, biografa lui Margaret, Helen Maurer, nu este de acord cu istoricii anteriori, care au datat mult clamata dușmănie dintre regină și York din momentul în care acesta a obținut funcția de protectorat. Ea sugerează că antagonismul reciproc a apărut doi ani mai târziu, în 1455, în urma Primei Bătălii de la St Albans, când Margareta l-a perceput ca pe o provocare la adresa autorității regelui. Maurer își bazează această concluzie pe un studiu judicios al modelului de prezentare a cadourilor de către Margareta; acesta a arătat că Margareta a avut mare grijă să demonstreze că i-a favorizat în mod egal atât pe York, cât și pe Edmund Beaufort (Somerset) la începutul anilor 1450. Maurer susține, de asemenea, că Margaret părea să accepte protecția lui York și afirmă că nu există dovezi substanțiale care să susțină credința de lungă durată că ea a fost responsabilă pentru excluderea Yorkiștilor din Marele Consiliu după recuperarea lui Henry (vezi mai jos).
Pe de altă parte, regretatul istoric Paul Murray Kendall susținea că aliații Margaretei, Edmund Beaufort (Somerset) și William de la Pole, pe atunci conte de Suffolk, nu au avut nicio dificultate în a o convinge că York, până atunci unul dintre cei mai de încredere consilieri ai lui Henric al VI-lea, era responsabil pentru nepopularitatea ei și era deja prea puternic pentru a fi de încredere. Margareta nu numai că l-a convins pe Henric să îl recheme pe York din postul de guvernator în Franța și să îl exileze în schimb în Irlanda, dar a încercat în repetate rânduri să îl asasineze în timpul călătoriilor sale spre și dinspre Irlanda, o dată în 1449 și din nou în 1450. Responsabilitatea comună a lui Edmund Beaufort (Somerset) și Suffolk pentru capitularea secretă a Maine în 1448 și apoi pentru pierderea dezastruoasă ulterioară a restului Normandiei în 1449 a implicat-o pe Margareta și curtea lui Henric în revolte, revolte ale magnaților și apeluri pentru punerea sub acuzare și execuția celor mai puternici doi aliați ai Margaretei. De asemenea, s-ar putea să fi făcut inevitabilă o bătălie finală până la moarte între Margareta și Casa de York, făcând evidentă popularitatea periculoasă a lui Richard în rândul comunelor. Richard de York, întors în siguranță din Irlanda în 1450, s-a confruntat cu Henric și a fost readmis ca un consilier de încredere. La scurt timp după aceea, Henric a fost de acord să convoace Parlamentul pentru a răspunde solicitărilor de reformă. Când Parlamentul s-a întrunit, cererile nu puteau fi mai puțin acceptabile pentru Margareta: nu numai că atât Edmund Beaufort (Somerset), cât și Suffolk au fost puși sub acuzare pentru gestionarea criminală a afacerilor franceze și subminarea justiției, dar a fost acuzat ca infracțiune împotriva lui Suffolk (acum duce) faptul că l-a antagonizat pe rege împotriva ducelui de York. Mai mult, printre cererile de reformă înaintate se număra și recunoașterea ducelui de York ca prim consilier al regelui, iar președintele Camerei Comunelor, poate cu mai multă fervoare decât înțelepciune, a propus chiar ca Richard, duce de York, să fie recunoscut ca moștenitor al tronului. În câteva luni, însă, Margareta a recâștigat controlul asupra lui Henric, Parlamentul a fost dizolvat, președintele incauților a fost aruncat în închisoare, iar Richard de York s-a retras în Țara Galilor pentru moment.
În 1457, regatul a fost din nou ultragiat când s-a descoperit că Pierre de Brézé, un puternic general francez și un adept al Margaretei, a debarcat pe coasta engleză și a incendiat orașul Sandwich. În calitate de lider al unei forțe franceze de 4.000 de oameni din Honfleur, acesta urmărea să profite de haosul din Anglia. Primarul, John Drury, a fost ucis în acest raid. Ulterior, a devenit o tradiție consacrată, care a supraviețuit până în prezent, ca primarul din Sandwich să poarte o robă neagră în semn de doliu pentru această faptă ignobilă. Margaret, în asociere cu de Brézé, a devenit obiectul unor zvonuri calomnioase și al unor balade vulgare. Indignarea publică a fost atât de mare, încât Margaret, cu mare reticență, a fost nevoită să îi dea rudei ducelui de York, Richard Neville, al 16-lea conte de Warwick, un mandat de pază a mării timp de trei ani. Acesta deținea deja postul de căpitan de Calais.
Liderul facțiunii Lancastrian
Ostilitățile dintre facțiunile rivale Yorkist și Lancastrian au degenerat curând în conflict armat. În mai 1455, la puțin peste cinci luni după ce Henric al VI-lea se recuperase după o criză de boli mintale și după ce Richard de York își încheiase protectoratul, Margareta a convocat un Mare Consiliu din care au fost excluși iordaniștii. Consiliul a cerut o adunare a egalilor la Leicester pentru a-l proteja pe rege "împotriva dușmanilor săi". Se pare că York era pregătit pentru conflict și în curând a mărșăluit spre sud pentru a se întâlni cu armata lancasteriană care mărșăluia spre nord. Lancasterii au suferit o înfrângere zdrobitoare în Prima Bătălie de la St Albans, la 22 mai 1455. Edmund Beaufort (Somerset), Contele de Northumberland și Lordul Clifford au fost uciși, Wiltshire a fugit de pe câmpul de luptă, iar Regele Henric a fost luat prizonier de către victoriosul Duce de York. În martie 1458, împreună cu soțul ei și cu nobili de frunte ai facțiunilor beligerante, a luat parte la procesiunea de Ziua Iubirii din Londra.
În 1459, ostilitățile au fost reluate în Bătălia de la Blore Heath, unde James Tuchet, al cincilea baron Audley, a fost învins de o armată yorkistă condusă de Richard Neville, al cincilea conte de Salisbury.