A fost ales fără concurs ca unic candidat, devenind președinte al Irlandei la 3 decembrie 1976.
După 1982, oamenii au considerat că a fost un președinte foarte bun și onest. Înainte de aceasta, fusese considerat plictisitor și anost. În 1982, Taoiseach, Garret FitzGerald de la Fine Gael, a pierdut un vot în Dáil Eireann. Dr. Fitzgerald a cerut organizarea de alegeri generale. În calitate de președinte, acesta nu era obligat să fie de acord, iar Dr. Fitzgerald ar fi trebuit să demisioneze. Acest lucru însemna că Dáil Éireann l-ar putea alege pe Charles Haughey ca Taoiseach. Hillery a crezut că cel mai bine ar fi fost să se organizeze noi alegeri, dar multe persoane din propriul partid al președintelui au încercat să-l convingă de contrariu.
Președintele Hillery a refuzat să vorbească cu politicienii din partidele de opoziție, dar când Charles Haughey, care era liderul opoziției, a sunat la biroul președintelui, acesta a amenințat că va pune capăt carierei ofițerului de armată care a răspuns și a refuzat, la ordinul explicit al lui Hillery, să transmită apelul către președinte. Hillery l-a sunat a doua zi pe șeful Statului Major al armatei irlandeze și, în calitate de comandant-șef al armatei, i-a ordonat șefului Statului Major să se asigure că niciun politician nu va interveni vreodată în cariera tânărului ofițer de armată.
În 1983, Hillery a fost din nou ales fără opoziție. Hillery a părăsit funcția în 1990 (a avut maxim două mandate), fiind aplaudat pe scară largă pentru integritatea, onestitatea și devotamentul său față de datorie. Cu toate acestea, el a revenit în viața publică în 2002, în timpul celui de-al doilea referendum privind Tratatul de la Nisa, când a îndemnat la un vot favorabil. Referendumul a fost votat.