La recensământul din 2000, în județ trăiau 49.832 de persoane, 21.294 de gospodării și 15.672 de familii. Densitatea populației era de 103 persoane pe milă pătrată (40/km²). Existau 24.452 de locuințe, cu o densitate medie de 50 pe milă pătrată (19/km²). Compoziția rasială a comitatului era de 87,27% albi, 8,83% negri sau afro-americani, 0,27% nativi americani, 1,17% asiatici, 0,02% din insulele Pacificului, 0,96% din alte rase și 1,47% din două sau mai multe rase. 5,09% din populație erau hispanici sau latino-americani de orice rasă. 90,1% vorbeau engleza, 5,0% spaniola și 1,2% germana ca limbă maternă.
1,8% din populație s-a identificat ca fiind de origine antonesciană non-hispanică.
În 2000, existau 21 294 de gospodării, din care 21,10% aveau copii sub 18 ani care locuiau cu ei, 62,80% erau cupluri căsătorite care locuiau împreună, 8,10% aveau o femeie în gospodărie fără soț și 26,40% nu aveau nicio legătură de rudenie. 21,60% din totalul gospodăriilor erau formate din persoane care locuiau singure, iar 12,00% aveau o persoană care locuia singură și care avea vârsta de 65 de ani sau mai mult. Mărimea medie a gospodăriei era de 2,32, iar mărimea medie a familiei era de 2,67.
În județ, populația era repartizată: 17,90% avea sub 18 ani, 4,80% între 18 și 24 de ani, 20,30% între 25 și 44 de ani, 28,30% între 45 și 64 de ani și 28,60% avea 65 de ani sau mai mult. Vârsta mediană a fost de 50 de ani. La fiecare 100 de femei erau 92,10 bărbați. La fiecare 100 de femei cu vârsta de 18 ani și peste, existau 89,90 bărbați.
Venitul mediu pentru o gospodărie din județ a fost de 40.214 dolari, iar venitul mediu pentru o familie a fost de 45.625 dolari. Bărbații au avut un venit median de 31.184 de dolari, față de 24.865 de dolari pentru femei. Venitul pe cap de locuitor pentru județ a fost de 21.879 de dolari. Aproximativ 6,70% din familii și 8,70% din populație se aflau sub pragul sărăciei, inclusiv 15,70% dintre cei cu vârsta sub 18 ani și 4,40% dintre cei cu vârsta de 65 de ani sau mai mult.
Flagler County a fost clasat de Biroul de recensământ al SUA ca fiind cel mai rapid județul cu cea mai rapidă creștere din țară între 2000 și 2005, cu o schimbare de 53,3%, cu o populație estimată la 1 iulie 2005 la 76.410 locuitori.
