În secolul al XIII-lea a fost construit un baraj pe râul Amstel (de aceea orașul se numește Amsterdam). Vechiul port al orașului,
Damrak, este acum una dintre cele mai aglomerate străzi din oraș. Orașul a fost menționat pentru prima dată în
1275 de către contele Floris al V-lea, conte de Olanda și Zeeland, care le-a acordat locuitorilor din Amsterdam mai multă libertate. Orașul și-a primit drepturile de oraș probabil în 1306; cel puțin la scurt timp după anul 1300. Orașul a devenit în scurt timp un port comercial important, având o rută comercială de succes către Marea Baltică. Orașul s-a dezvoltat rapid în secolul al XV-lea. Deoarece orașul se află practic într-o mlaștină, constructorii orașului au fost nevoiți să sape canale pentru a folosi terenul de săpătură pentru a ridica nivelul de trai. Casele au fost construite pe stâlpi de lemn, iar canalele au servit ca o canalizare primitivă destul de eficientă.
Orașul a fost unul dintre primele orașe din Europa de Vest care a fost destul de democratic: Cetățenii bogați alegeau conducătorii orașului. Amsterdam a declarat război spaniolilor în 1578, în timpul Războiului de 80 de ani. Când orașul Anvers a căzut în mâinile spaniolilor în 1585, mulți locuitori din Anvers au fugit în Amsterdam. Anvers era, de asemenea, un oraș comercial important, iar când locuitorii săi s-au mutat la Amsterdam, și-au luat cu ei rețelele comerciale. De aceea, Amsterdam a devenit un oraș comercial și mai important după aceea. Acest lucru a dat startul Epocii de Aur olandeze. Numărul persoanelor care locuiau în Amsterdam în timpul războiului a crescut de la mai puțin de 30.000 în 1570 la peste 100.000 în 1622. Acest număr avea să ajungă chiar la 200.000 spre sfârșitul secolului al XVII-lea, ceea ce făcea din oraș un oraș foarte mare pentru epoca sa (doar Londra și Parisul aveau, de asemenea, atât de mulți oameni). În secolul al XVIII-lea, numărul locuitorilor din Amsterdam a scăzut din nou la 140.000, punând capăt Epocii de Aur.
În secolul al XIX-lea au apărut primele trenuri și tramvaie în Amsterdam. Primul tren a circulat de la Amsterdam la Haarlem în 1839. Numărul de locuitori era în creștere, în Amsterdam trăind aproximativ 250.000 de persoane în 1850, și peste 500.000 în 1900. Amsterdam era un oraș puternic industrializat la acea vreme. Înainte de cel de-al Doilea Război Mondial, în Amsterdam trăiau aproximativ 140.000 de evrei. Cei mai mulți dintre aceștia nu au supraviețuit războiului. După război, Amsterdam a devenit un centru de toleranță și cultură; a fi diferit nu este anormal în Amsterdam. Se preconizează că Amsterdam va crește cu 12,6% până în 2025. Atunci va avea aproape 900.000 de locuitori, iar zona metropolitană va avea aproape 2,5 milioane de locuitori până atunci.
