Legătura genetică apare atunci când alelele de la loci diferiți nu se segregă la întâmplare. A doua lege a lui Mendel este astfel încălcată.
Genele sunt legate între ele atunci când se află pe același cromozom. Ele tind apoi să rămână împreună în timpul meiozei. Alelele genelor aflate pe cromozomi diferiți nu sunt de obicei legate, din cauza asortimentului independent al cromozomilor în timpul meiozei.
Există o anumită încrucișare a ADN-ului în timpul meiozei, atunci când cromozomii se segregă. Astfel, alelele de pe același cromozom pot fi separate și pot ajunge la celule fiice diferite. Există o probabilitate mai mare ca acest lucru să se întâmple dacă alelele sunt foarte îndepărtate pe cromozom, deoarece este mai probabil să se producă o încrucișare între ele. Distanța relativă dintre două gene poate fi calculată cu ajutorul descendenților unui organism care prezintă două trăsături genetice legate între ele. Se notează procentajul de descendenți în care cele două trăsături nu se întâlnesc. Cu cât procentul de descendenți care prezintă ambele trăsături este mai mare, cu atât mai aproape pe cromozom sunt cele două gene.
Aceasta a fost prima tehnică utilizată pentru cartografierea genelor pe cromozomi. Prin calcularea numărului de recombinanți se poate obține o măsură a distanței dintre gene. Această distanță se numește unitate de hartă genetică (u.m.) sau centimorgan și este definită ca fiind distanța dintre genele pentru care un produs de meioză din 100 este recombinant. O frecvență de recombinare (RF) de 1 % este echivalentă cu 1 m.u. O hartă de legătură este creată prin găsirea distanțelor de hartă între un număr de trăsături prezente pe același cromozom, evitându-se în mod ideal spațiile semnificative între trăsături pentru a evita posibilitatea unor încrucișări multiple.