La moartea tatălui lor, împăratul Huayna Capac, și a fratelui lor mai mare, Ninan Cuyochi, care fusese moștenitor, imperiul a fost împărțit între cei doi frați supraviețuitori, Huáscar și Atahualpa. Huáscar a primit cea mai mare parte a acestuia, cu capitala
Cusco, iar Atahualpa părțile nordice, inclusiv
Quito (în prezent capitala Ecuadorului). Timp de câțiva ani, cei doi frați au domnit fără probleme. Dar Huascar a cerut ca Atahuallpa să-i depună un jurământ. Atahuallpa a refuzat, iar războiul civil a început.
Bătălia finală a avut loc la Quipaipan, unde Huascar a fost capturat. Atahuallpa se odihnea în orașul Cajamarca din Anzi, cu armata sa de 80.000 de soldați, în drum spre sud și Cusco pentru a-și revendica tronul.
Până în acest moment, conchistadorul spaniol Francisco Pizarro a întemeiat orașul Piura, prima așezare spaniolă din Peru, în iulie 1532. După două luni de marș, Pizarro a ajuns la Cajamarca cu doar 168 de oameni sub comanda sa și i-a trimis pe Hernando de Soto, pe călugărul Vicente de Valverde și pe interpretul nativ Felipillo pentru a vorbi cu Atahuallpa despre prezența spaniolă.
Trimișii spanioli s-au întors la Pizarro, care a pregătit un atac surpriză împotriva armatei lui Atahuallpa în ceea ce a devenit Bătălia de la Cajamarca, la 16 noiembrie 1532.
În conformitate cu legislația spaniolă, spaniolii au declarat oficial război poporului incaș. Când Atahuallpa l-a întrebat cu răceală pe preotul Valverde cu ce autoritate el și poporul său puteau spune astfel de lucruri, Valverde i-a oferit o Biblie, spunând că autoritatea vine din cuvintele din ea. El a examinat-o și apoi a întrebat de ce nu-i vorbește. Apoi a aruncat-o la pământ. Acest lucru le-a oferit spaniolilor scuza de care aveau nevoie pentru a porni războiul împotriva incașilor. Au deschis focul și, în decurs de două ore, peste două mii de soldați incași au fost uciși. Spaniolii l-au întemnițat apoi pe Atahuallpa în Templul Soarelui.
Atahuallpa încă nu putea să creadă că spaniolii intenționau să preia controlul asupra regatului său. El credea că dacă le va da aurul și argintul pe care le căutau, aceștia vor pleca. În schimbul eliberării sale, a fost de acord să umple o cameră mare cu aur și le-a promis spaniolilor dublul acestei sume în argint. Deși a fost uimit de ofertă, Pizarro nu a avut intenția de a-l elibera pe incaș, deoarece avea nevoie de influența conducătorului asupra populației indigene pentru a menține ordinea în țara înconjurătoare.
Dar apoi Pizarro a decis să îl execute, deoarece se temea că ar putea fi eliberat de un general incaș. Pizarro a organizat un simulacru de proces și l-a găsit pe Atahuallpa vinovat de revolta împotriva spaniolilor și de uciderea lui Huáscar, propriul său frate. Atahuallpa a fost condamnat la execuție prin ardere. Acesta a fost îngrozit, deoarece incașii credeau că sufletul nu va putea trece în viața de apoi dacă trupul este ars. Fratele Vicente de Valverde, care îi oferise anterior Biblia lui Atahuallpa, a intervenit din nou, spunându-i lui Atahuallpa că, dacă acceptă să se convertească la creștinism, îi va convinge pe ceilalți să comute sentința. Atahualpa a fost de acord să fie botezat în credința creștină. I s-a dat numele Juan Santos Atahualpa și apoi a fost strangulat cu o gargară în loc să fie ars. Atahuallpa a murit la 29 august 1533. Atahuallpa a fost succedat de fratele său, marioneta Inca Tupac Huallpa, iar mai târziu de un alt frate, Manco Inca Yupanqui.
