Imperiul babilonian a fost în cele din urmă curmat de Cyrus cel Mare al Persiei.
În anul 549 î.Hr., Cyrus a pus capăt imperiului mezilor. Trei ani mai târziu, Cyrus a devenit rege al Imperiului Achaemenid (Persia) și era angajat într-o campanie în nordul Mesopotamiei.
În 539 î.Hr. Cyrus a invadat Babilonia. O bătălie a avut loc la Opis în luna iunie, unde babilonienii au fost înfrânți; și imediat după aceea Sippara s-a predat invadatorului. La două zile după capturarea lui Sippara, "soldații lui Cyrus au intrat în Babilon fără să lupte". Cyrus nu a sosit decât la 3 martie (octombrie), Gobryas acționând în locul lui în absența sa. Gobryas a fost numit acum guvernator al provinciei Babilon.
Cyrus pretindea acum că este succesorul legitim al vechilor regi babilonieni și răzbunătorul zeului lor Bel-Marduk. Invazia Babiloniei de către Cyrus a fost fără îndoială ajutată de prezența unor exilați forțați străini, precum evreii, care fuseseră plantați în mijlocul țării.
Unul dintre primele acte ale lui Cyrus a fost acela de a le permite acestor exilați să se întoarcă la casele lor, purtând cu ei imaginile zeului lor și vasele lor sacre. Permisiunea de a face acest lucru a fost consemnată într-o proclamație, prin care cuceritorul s-a străduit să își justifice pretenția la tronul babilonian. Sentimentul era încă puternic că nimeni nu avea dreptul să domnească peste Asia occidentală până când nu fusese consacrat în această funcție de Bel și de preoții săi; și, în consecință, Cyrus și-a asumat de acum înainte titlul imperial de "rege al Babilonului".