Crezul de la Niceea a avut anumite probleme. În 529, așa-numita clauză filioque a fost adăugată la crez. Această clauză este una dintre principalele diferențe dintre Biserica Romano-Catolică și Biserica Ortodoxă Răsăriteană. Biserica Catolică are această clauză, iar Biserica Ortodoxă Răsăriteană nu. Clauza se referă la cât de evlavios este Tatăl, în comparație cu Fiul. În timp ce Crezul de la Niceea original spune "Credem în Duhul Sfânt... care purcede de la Tatăl", versiunea modificată, romano-catolică, spune "Credem în Duhul Sfânt... care purcede de la Tatăl și de la Fiul". Creștinii romano-catolici acceptă această modificare, dar creștinii ortodocși răsăriteni o resping. Multe biserici catolice orientale (orientale în liturghie, dar în deplină comuniune cu papa) nu folosesc clauza în crezul lor. Totuși, ele consideră că doctrina pe care o reprezintă este adevărată, deoarece aceasta este o dogmă a credinței romano-catolice. Multe dintre bisericile protestante care iau poziție în această chestiune, acceptă de obicei filioque.
După Schisma Est-Vest din 1054, Bisericile Răsăriteană și Apuseană au încercat să se reunească în cadrul a două concilii medievale separate, iar filioque a fost o problemă la fiecare dintre ele. În ciuda concesiilor grecești, nici al doilea Conciliu de la Lyon (1274), nici Conciliul de la Ferrera-Florența (1438 - 1535) nu au realizat uniunea dorită.
Clauza este cel mai adesea numită "filioque" sau pur și simplu filioque.