Orașul a luat naștere de la o fermă deținută de Timothy Beard, un fost deținut care se ocupa de han. Aceasta se afla pe malul râului Molonglo. Numele original era Quinbean, care înseamnă "ape limpezi".
Queanbeyan a devenit oraș în 1838. Aici locuiau aproximativ 50 de persoane. Unele dintre clădirile istorice importante care mai sunt încă în picioare au fost construite în primele zile. Urme de aur au fost găsite în 1851. Existau, de asemenea, câteva mine de plumb și argint. Coloniștii au fost adesea jefuiți de braconieri, printre care John Tennant, Jacky Jacky, Frank Gardiner și Ben Hall. În 1836, guvernul a construit un oficiu poștal la Queanbeyan.
Prima bancă a fost deschisă în Queanbeyan la 19 septembrie 1859. Aceasta a fost Commercial Banking Company of Sydney Limited, care acum face parte din National Australia Bank. The Golden Age, numit acum The Queanbeyan Age, a fost primul ziar din Queanbeyan, fondat în 1860 de John Gale. În 1880, John James Wright, primul primar din Queanbeyan, a construit o casă pe malul râului Queanbeyan. În 1982 casa a devenit Centrul de Artă Queanbeyan.
Calea ferată a ajuns la gara Queanbeyan în 1887 și a devenit punctul de joncțiune pentru liniile care mergeau spre Canberra și Bombala. În prezent, există două trenuri pe zi, serviciul Countrylink Xplorer între Canberra și Sydney.
Queanbeyan a devenit un important oraș de țară, cu 16 hoteluri și șase mori de făină acționate de vânt, apă, cai și aburi. Canberra a devenit capitala națională în 1911. Nu existau hoteluri, așa că oamenii treceau granița pentru a bea ceva la hotelurile din Queanbeyan. Când Parlamentul s-a mutat la Canberra de la Melbourne în 1926, Canberra a primit primul său hotel.
Queanbeyan a devenit oraș la 7 iulie 1972. Din 1982 până în 1989, echipa de rugby Canberra Raiders și-a jucat meciurile de acasă în Queanbeyan, la Seiffert Oval.