Obiceiurile de hrănire ale lui Quetzalcoatlus (care avea un cioc lung fără dinți) sunt necunoscute. Această întrebare, precum și zborul său, sunt încă în discuție. Lipsa unui schelet mai detaliat este principala problemă în a ajunge la concluzii. Au fost propuse două teorii.
Una dintre idei este că mânca pește, zburând cu falca în apă și smulgând peștii atunci când îi lovea. La acea vreme, Texasul era acoperit în mare parte de canalul maritim interior vestic. "Dintre aceste stiluri de viață propuse, piscivorul în zbor [mâncarea de pește] pare să fi câștigat cea mai mare acceptare, hrănirea prin degresare fiind o metodă de hrănire sugerată frecvent.
Cealaltă teorie este că se hrănea pe uscat, în parte ca o specie care se hrănea cu cadavre, precum vulturii și ulii, și că se hrănea cu animale mici. Acest punct de vedere câștigă teren, deoarece maxilarul nu prezintă adaptările pentru scremare întâlnite la păsările moderne care prind peștii în acest fel.
În zbor, era cu siguranță o pasăre care zbura pe curenții de aer într-un mediu cald, iar rămășițele sale provin dintr-un sit situat departe în interiorul Cretacicului.