Povestea ar trebui să aibă loc la mijlocul secolului al XIV-lea în Genova. Genova (în italiană: Genova) este acum un oraș din Italia, dar în acele vremuri Italia nu era încă o singură țară, iar Genova, ca și Veneția, era o mică republică, condusă de un Doge (pronunțat "Doadz" în engleză. Este un cuvânt italian care înseamnă "duce"). Până în momentul acestei povești, Dogele fusese întotdeauna ales dintre patricienii bogați. Oamenii obișnuiți, oamenii de rând (plebeii), nu puteau fi aleși pentru a fi Doge.
La începutul poveștii, Fiesco este Doge al Genovei. El are o fiică, Maria. Maria s-a îndrăgostit de Simon Boccanegra, care este un plebeu, așa că nu ar fi suficient de important pentru a i se permite să se căsătorească cu ea, chiar dacă a devenit un erou pentru că a luptat cu mulți pirați. Simon și Maria au avut un copil, o fetiță. După ce s-a născut, aceasta a fost dată în grija unei bătrâne, dar într-o zi bătrâna a murit, iar copila s-a rătăcit singură. A fost găsită pe malul mării de contele Grimaldi, care a luat-o și a avut grijă de ea ca și cum ar fi fost propriul copil.
Nimeni nu știe ce s-a întâmplat cu copilul. Contele Grimaldi nu știe cine este. Crede că este orfană.
Prologul
La începutul operei, Paolo, liderul partidului plebeu, îl convinge pe Pietro să îi încurajeze pe plebei să voteze pentru Simon Boccanegra ca nou doge al Genovei. Boccanegra sosește și este de acord că va fi doge dacă va fi ales. Simon crede că acest lucru l-ar face pe Fiesco să-i permită să se căsătorească cu Maria. În ultimele trei luni, Fiesco și-a închis fiica în palat pentru că a avut un copil cu Simon.
Maria moare (nu o vedem niciodată în operă). Fiesco deplânge acum moartea fiicei sale. Simon îl roagă pe Fiesco să-l ierte. Fiesco nu-i spune că Maria tocmai a murit. El promite să-l ierte doar dacă Simon îi lasă nepoata sa. Simon îi explică că nu poate, deoarece copilul a dispărut. Se duce în camera Mariei și constată că aceasta este moartă. Oamenii cântă fericiți pentru că Simon este noul Doge.
Actul 1
Povestea actului I are loc 25 de ani mai târziu. Simon este încă Doge. Și-a trimis mulți dintre dușmani în exil și le-a luat proprietățile. Contele Grimaldi este unul dintre cei care au fost exilați. În castelul Grimaldi, Fiesco își spune Andrea Grimaldi pentru ca oamenii să nu știe cine este. El complotează cu dușmanii lui Simon pentru a-l răsturna. El nu știe că nepoata sa (fiica lui Simon) este tânăra domnișoară Amelia Grimaldi care locuiește în castel.
La începutul actului I o vedem pe Amelia cântând un cântec frumos despre dimineață, mare și stele. Ea are un iubit, Gabriele Adorno. Când acesta sosește, ea îl avertizează de pericolele complotului politic. I se aduce vestea că vine Dogele. Amelia este îngrijorată că Dogele o va obliga să se căsătorească cu Paolo, așa că îi cere lui Gabriele să îi ceară imediat lui Andrea (care este de fapt Fiesco) permisiunea de a se căsători. Fiesco este de acord. El îi spune lui Gabriele că ea era o biată orfană care a fost găsită (nu-și dă seama că este vorba de nepoata lui). Gabriele spune că nu-i pasă de asta, așa că Fiesco binecuvântează căsătoria.
Simon intră. El îi spune că contele Grimaldi este iertat și se poate întoarce acasă. O întreabă dacă ar vrea să se căsătorească cu Paolo, dar ea refuză. Îi spune că este orfană și îi arată un medalion cu o fotografie a mamei sale. Simon își dă seama că Amelia este fiica sa de mult pierdută. Ei sunt foarte fericiți că s-au regăsit unul pe celălalt. Când intră Paolo, Simon îi spune că nu se poate căsători cu ea. Paolo este furios și decide să o răpească pe Amelia.
În scena următoare îl vedem pe Simon înconjurat de membrii plebei și patricieni ai Consiliului său. Aceștia discută dacă ar trebui să facă pace cu Republica Veneția. Dintr-o dată intră o mulțime care îi strigă moartea lui Simon. Aceștia îl urmăresc pe Gabriele. Gabriele mărturisește că l-a ucis pe Lorenzino pentru că a încercat să o răpească pe Amelia. În timp ce Lorenzino era pe moarte, el a spus că o persoană importantă i-a spus să o răpească. Adorno ghicește că Simon trebuie să fi ordonat răpirea. El este pe punctul de a-l ataca când Amelia se năpustește și oprește lupta Simon îl arestează pe Gabriele. Acesta își dă seama că Paolo trebuie să fie adevăratul răpitor și îi pune pe toți (inclusiv pe Paolo) să-l blesteme. Simon și fiica sa rămân singuri pe scenă la sfârșitul actului.
Actul 2
Paolo este înspăimântat. Este furios pe Simon și decide că trebuie să-l otrăvească. Fiesco și Gabriele sunt aduși înăuntru. El îi spune lui Fiesco că poate fi liber dacă îl ucide pe Simon. Fiesco refuză. Tocmai când Fiesco și Gabriele se pregătesc să plece, Paolo îl întreabă pe Gabriele dacă știe că Amelia se află aici, în palat, având o aventură cu Simon. Gabriele este furios. Când Amelia intră, ea neagă povestea. Ea îi spune lui Gabriele că îl iubește și încearcă să-l convingă să plece, dar Simon vine și Gabriele se ascunde.
Amelia îi spune lui Simon că ar muri pentru Gabriele. Simon este de acord să îl grațieze. El bea dintr-un pahar de vin otrăvit, pe care Paolo îl pusese pe masă, și adoarme. Gabriele încearcă să-l ucidă, dar Amelia îl oprește. Simon se trezește. El îi spune lui Gabriele că Amelia este fiica lui. Gabriele îl imploră pe Simon să îl ierte și îi promite că va lupta pentru el.
Actul 3
Aceasta are loc într-o sală mare, cu vedere spre port. Fiesco a fost eliberat, dar Paolo este condamnat la moarte pentru că a condus revolta împotriva dogelui. Paolo îi spune lui Fiesco că l-a otrăvit pe Simon. Fiesco se duce la Simon, care acum este pe moarte (otrava acționează lent). Simon își recunoaște vechiul dușman pe care îl credea mort. El este fericit să-i spună că Amelia este nepoata lui de mult pierdută. Fiesco se simte teribil de trist și îi spune lui Simon despre otravă. Gabriele și Amelia tocmai s-au căsătorit. Ei află că tatăl și bunicul ei sunt acum prieteni. Simon îi cere lui Gabriele să fie următorul Doge când va muri. Fiesco se duce la fereastră și anunță mulțimea că Gabriele Adorno este acum noul Doge și că Simon Boccanegra a murit.
