Cercetările lui Roux s-au bazat pe noțiunea de Entwicklungsmechanik sau mecanica dezvoltării. Metodologia sa a fost aceea de a interveni asupra embrionilor în curs de dezvoltare și de a observa rezultatul. Cercetările lui Roux au fost efectuate în principal pe ouă de broască pentru a cerceta primele structuri din dezvoltarea amfibienilor. Scopul său a fost de a demonstra că procesele darwiniste acționează la nivel celular.
În 1888, Roux a publicat rezultatele unei serii de experimente cu defecte în care a luat embrioni de broască cu 2 și 4 celule și a ucis jumătate din celulele fiecărui embrion cu un ac fierbinte. El a raportat că acestea au crescut în jumătăți de embrion și a presupus că funcția separată a celor două celule fusese deja determinată. Acest lucru l-a determinat să propună teoria "mozaicului": după câteva diviziuni celulare, embrionul ar fi ca un mozaic, fiecare celulă jucând rolul său unic în întregul proiect.
După câțiva ani, teoria lui Roux a fost infirmată de studiile colegului său Hans Driesch, iar mai târziu, cu mai multă precizie, Hans Spemann a demonstrat că, de regulă, concluziile lui Driesch erau corecte, dar că rezultate ca cele ale lui Roux pot fi obținute după intervenția în anumite planuri. În ciuda acestui eșec timpuriu, metodologia mecanică de pionierat a lui Roux avea să se dovedească extrem de fructuoasă în biologia secolului XX.