DeGeneres s-a născut la Ochsner Foundation Hospital din Jefferson, Louisiana, și este fiica lui Elizabeth Jane "Betty" Pfeffer DeGeneres, logoped, și a lui Elliott Everett DeGeneres, agent de asigurări. Ea are un frate, Vance. Fratele ei este muzician și producător. Are origini franceze, engleze, germane și irlandeze. A fost crescută ca o creștină scientistă până la vârsta de 13 ani. În 1973, părinții ei au depus o cerere de separare și au divorțat în anul următor. La scurt timp după aceea, mama lui Ellen s-a căsătorit cu Roy Gruessendorf, un agent de vânzări. Betty Jane și Ellen s-au mutat împreună cu Gruessendorf din zona New Orleans în Atlanta, Texas. Vance a rămas cu tatăl său.
DeGeneres a absolvit liceul Atlanta High School în mai 1976. Primii ei ani de liceu au fost la Grace King High School din Metairie, Louisiana. S-a mutat înapoi în New Orleans pentru a urma cursurile Universității din New Orleans, unde s-a specializat în studii de comunicare. După un semestru, a părăsit școala pentru a face muncă de birou într-o firmă de avocatură cu o verișoară, Laura Gillen. De asemenea, a avut un loc de muncă în care a vândut haine la lanțul de magazine Merry-Go-Round din Lakeside Shopping Center.
Printre primele sale locuri de muncă se numără munca la J. C. Penney, chelneriță la TGI Friday's și la un alt restaurant, pictor de case, hostess și barman. Ea vorbește despre experiențele sale din copilărie și de la locul de muncă în opera sa comică.
În episodul din 9 februarie 2011 al emisiunii The Ellen DeGeneres Show, DeGeneres a prezentat o scrisoare din partea Societății de Genealogie Istorică din New England. În aceasta se spunea că este verișoara de gradul 15 a lui Catherine, Ducesa de Cambridge, prin intermediul strămoșului lor comun Thomas Fairfax. Madonna este a unsprezecea verișoară a lui DeGeneres.
