La fel ca toate condimentele orientale, piperul a fost din punct de vedere istoric atât un condiment, cât și un medicament. Piperul lung, fiind mai puternic, era adesea medicamentul preferat, dar ambele erau folosite.
Boabele de piper negru sunt menționate în medicina Ayurveda, Siddha și Unani din India. Cartea siriană a medicamentelor din secolul al V-lea prescrie piperul (sau poate piperul lung) pentru boli precum constipația, diareea, durerile de urechi, cangrena, bolile de inimă, hernia, răgușeala, indigestia, mușcăturile de insecte, insomnia, durerile articulare, problemele de ficat, bolile de plămâni, abcesele bucale, arsurile solare, cariile și durerile de dinți. Diferite surse din secolul al V-lea încoace spun, de asemenea, că piperul este bun pentru a trata problemele oculare. Adesea, unguente speciale făcute cu piper trebuie aplicate direct pe ochi. Nu există nicio dovadă medicală actuală că vreunul dintre aceste tratamente are vreun beneficiu; piperul aplicat direct pe ochi ar fi destul de incomod și posibil dăunător.
Pentru o lungă perioadă de timp, oamenii au crezut că piperul este cauza strănutului; acest lucru este considerat adevărat și astăzi. Unele surse spun că piperina irită nările, ceea ce va provoca strănutul; altele spun că este doar efectul prafului fin din piperul măcinat, iar altele spun că piperul nu este, de fapt, deloc un producător de strănut foarte eficient. Puține studii controlate, dacă nu chiar nici unul, au fost efectuate pentru a răspunde la această întrebare.
Piperul poate irita intestinele. De aceea, este eliminat din dieta pacienților care au operații abdominale și ulcere. Înlocuirea se numește, de obicei, o dietă fadă.
Piperul conține cantități mici de safrol, un compus cancerigen.
