Horta a avut un mare interes pentru muzică încă din copilărie. În 1873, a studiat teoria muzicală la Conservatorul din Ghent. A fost îndepărtat din cauza comportamentului neadecvat. S-a înscris în schimb la Departamentul de Arhitectură al Academiei Regale de Arte Frumoase din Ghent. În 1878, Horta a plecat la Paris. A găsit de lucru cu arhitectul și designerul Jules Debuysson în Montmartre. Acolo a fost inspirat de artiștii impresioniști și pointilliști, dar și de posibilitățile de a lucra în fier și sticlă.
Când tatăl lui Horta a murit în 1880, acesta s-a întors în Belgia și s-a mutat la Bruxelles. S-a căsătorit cu prima sa soție. A studiat arhitectura la Académie Royale des Beaux-Arts. La Bruxelles, Horta s-a împrietenit cu Paul Hankar. A devenit asistent al profesorului său Alphonse Balat, arhitectul lui Leopold al II-lea al Belgiei. Împreună au proiectat serele regale din Laeken, prima lucrare a lui Horta care a folosit sticlă și fier.
În 1884, Horta a câștigat primul Prix Godecharle acordat pentru arhitectură.
Până în 1885, Horta a lucrat pe cont propriu. A fost însărcinat să proiecteze trei case. În același an s-a alăturat și Societății Centrale de Arhitectură Belgiană. În următorii câțiva ani a participat la mai multe concursuri pentru lucrări publice. A colaborat cu sculptori (în special cu prietenul său Godefroid Devresse) la statuie și chiar la morminte. A câștigat o serie de premii. Credea că formele pe care le realiza erau foarte practice și nu artistice.
În această perioadă, Horta s-a alăturat francmasonilor. Acest lucru i-a oferit mulți clienți atunci când s-a întors la proiectarea de case și magazine în 1893.
Horta a fost numit șef al departamentului de design grafic pentru arhitectură la Universitatea Liberă din Bruxelles în 1892. A devenit profesor de arhitectură în 1893. A lucrat acolo până în 1911.
