Regiunea Bourgogne-Franche-Comté este a șasea regiune ca mărime din Franța, cu o suprafață de 47 783,3 km 2(18 449 mp). Se află în nord-estul Franței și se învecinează la nord cu regiunea Grand Est, la vest cu regiunile Île-de-France și Centre-Val de Loire, la sud cu regiunea Auvergne-Rhône-Alpes, iar la est cu Elveția (cantoanele Vaud, Neuchâtel și Jura).
Distanțele de la Besançon, capitala regiunii, până la alte orașe sunt:
- Paris, capitala națională, 410 km (255 mi);
- Bordeaux, 729 km (453 mi);
- Toulouse, 762 km (473 mi);
- Marsilia, 538 km (334 mi);
- Lyon, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km (325 mi);
- Nisa, 694 km (431 mi).
Râuri
Principalele râuri din regiune sunt Saône și afluentul său, Doubs. În sud-vestul regiunii, la Nevers, curge râul Loire. Râul Sena izvorăște în departamentul Côte-d'Or.
Munții
În regiune există trei lanțuri muntoase principale:
- Munții Vosgi se află în partea de nord-est a regiunii, iar cel mai înalt punct din Bourgogne-Franche-Comté este Ballon de Servance, la 1.216 m înălțime.
- Munții Jura se află de-a lungul limitelor estice; aici se află Crêt Pela, cel mai înalt punct din Bourgogne-Franche-Comté, cu 1.495 m (4.905 ft).
- Munții Morvan se află în centrul părții vestice; cel mai înalt punct este Haut-Folin, cu o înălțime de 901 m (2.956 ft).
Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)), la 1.495 m, este cel mai înalt munte din regiunea Bourgogne-Franche-Comté. Se află în lanțul muntos Jura.
Cel mai înalt punct al diferitelor departamente din regiunea Bourgogne-Franche-Comté sunt:
| Departamentul | Munte | Elevație |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2.365 ft) |
| Doubs | Mont d'Or | 1.461 m (4.793 ft) |
| Jura | Crêt Pela | 1.495 m (4.905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2.805 ft) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1.216 m (3.990 ft) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2.956 ft) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1.991 ft) |
| Teritoriul din Belfort | Ballon d'Alsace | 1.247 m (4.091 ft) |