Yonne face parte din regiunea Bourgogne-Franche-Comté. Are o suprafață de 7.427,4 km2 (2.868 mp). Cel mai înalt punct al departamentului este Bois de la Pérouse (47°18′57″N 4°1′8″E / 47.31583°N 4.01889°E / 47.31583; 4.01889 (Bois de la Pérouse)), cu o înălțime de 607 m (1.991 ft).
Departamentul se învecinează cu cinci departamente din patru regiuni:
Partea de nord a departamentului este formată din câmpii care fac parte din marea câmpie a Parisului. Munții din Morvan și dealurile din Auxerrois (regiunea din jurul orașului Auxerre) se află în jumătatea sudică a departamentului.
Principalul râu din departament este Yonne, un afluent al Senei, care traversează departamentul de la sud la nord. Alte râuri care traversează departamentul sunt râurile Armançon, Loing, Ouanne și Serein.
Clima
Tipul de clasificare climatică Köppen pentru climatul de la Auxerre este un "climat oceanic" (cunoscut și sub numele de climat temperat maritim) și de subtip "Cfb".
Temperatura medie anuală în Auxerre este de 11,5 °C (52,7 °F). Cea mai caldă lună, în medie, este iulie, cu o temperatură medie de 20,2 °C (68,4 °F). Cea mai răcoroasă lună, în medie, este ianuarie, cu o temperatură medie de 3,6 °C (38,5 °F).
Cantitatea medie de precipitații pe an în Auxerre este de 957.6 mm (37.70 in). Luna cu cele mai multe precipitații în medie este decembrie, cu 106,7 mm (4,20 in) de precipitații. Luna cu cele mai puține precipitații medii este aprilie, cu o medie de 63,5 mm (2,50 in).