Între Rouen și mare, pe Sena pot naviga nave oceanice cu o lungime de până la 280 de metri și o greutate de 150.000 de tone. Această secțiune a fluviului are o lungime de aproximativ 120 de kilometri (75 de mile). Pot circula nave cu un pescaj de până la 10 metri (33 ft). Proiectul este un cuvânt care descrie înălțimea părții unei nave care se află sub linia de plutire. Există trei poduri în această secțiune. Acestea pot fi ridicate. Pescajul maxim (sau înălțimea deasupra liniei de plutire) al unei nave este de 50 de metri (160 ft). Deoarece există puține brize, râul poate fi traversat cu feribotul, în diferite locuri. Portul Rouen este un port maritim important în Franța; este cel mai important port din Europa pentru cereale și cel mai important port din Franța pentru făină și îngrășăminte. Chiar dacă portul Le Havre este mai important pentru petrol, cel de la Rouen este totuși important. Aproximativ 25 de milioane de tone de produse sunt manipulate de portul Rouen în fiecare an.
Cursul râului a fost corectat între Rouen și Paris în secolul al XIX-lea. Există șapte ecluze. Pot circula șlepuri cu merțane, cu o capacitate de până la 350 t. Dimensiunea ecluzei determină dimensiunea maximă a navei. Când majoritatea canalelor au fost construite în Franța, domnul pentru lucrări publice, Charles de Freycinet, a stabilit lungimea maximă a ecluzelor. Ca urmare, dimensiunile maxime ale navei sunt de 38,5 metri (126 ft) pe 5,05 metri (16,6 ft), cu un pescaj de 2,5 metri (8 ft 2 in). În cazul canalelor franceze, pescajul maxim este de 1,8 metri (5 ft 11 in). Încărcătura unei peniche este aproximativ egală cu cea a zece camioane sau opt vagoane de cale ferată. Alte tipuri de nave care pot circula au o capacitate cuprinsă între 800 de tone (790 de tone lungi; 880 de tone scurte) și 1.350 de tone (1.330 de tone lungi; 1.490 de tone scurte). Convoi de barje cu o lungime cuprinsă între 40 de metri (130 ft) și 70 de metri (230 ft) și pot transporta între 3.000 de tone (3.000 de tone lungi; 3.300 de tone scurte) și 10.000 de tone (9.800 de tone lungi; 11.000 de tone scurte) de marfă. Alte nave includ nave fluviale care pot transporta până la 4.000 de tone (3.900 de tone lungi; 4.400 de tone scurte) de marfă.
Portul Paris este cel mai important port fluvial din Franța: Aproximativ 20,2 milioane de tone de mărfuri sunt manipulate în fiecare an, dintre care 20 de milioane de tone provin din transportul fluvial. Există un proiect numit Canalul Sena-Nord Europa, pentru construirea unui canal de mare capacitate care să lege regiunea Parisului de porturile Antwerp, Dunkerque și Rotterdam, pentru nave mari cu o lățime de 11,5 metri (38 ft) și o lungime de 185 de metri (607 ft).