La început s-a numit Cuteanal Town. Primul său conducător, John Wright, a redenumit orașul după orașul său natal, Lancaster, din Anglia. Simbolul orașului, trandafirul roșu, provine de la Casa de Lancaster. Lancaster a făcut parte din Carta Penn's Woods din 1681 a lui William Penn și a fost amenajat de James Hamilton în 1734. A fost încorporat ca borough în 1742 și încorporat ca oraș în 1818. Când britanicii au capturat Philadelphia în timpul Revoluției Americane, Lancaster a devenit capitala coloniilor la 27 septembrie 1777. După ce Congresul Continental s-a reunit într-o zi, s-a mutat și mai departe, la York, Pennsylvania. Guvernul din Pennsylvania s-a mutat, de asemenea, din Philadelphia în Lancaster, dar a rămas în Lancaster până când trupele britanice au părăsit Philadelphia. Lancaster a fost din nou capitala Pennsylvaniei din 1799 până în 1812, după care capitala a fost mutată la Harrisburg.
În 1737, în oraș a fost construită închisoarea Lancaster County Prison, după modelul castelului Lancaster din Anglia. Închisoarea este încă în uz. Spânzurători publice au avut loc acolo până în 1912.
Primul drum asfaltat din Statele Unite a fost fostul Philadelphia and Lancaster Turnpike (care face parte din actualul U.S. Route 30). Turnpike a fost inaugurată în 1795. Turnpike a legat orașele Lancaster și Philadelphia și a fost proiectat de un inginer scoțian pe nume John Loudon MacAdam. Locuitorii din Lancaster sunt cunoscuți pentru că folosesc cuvântul "macadam", în loc de "pavaj" sau "asfalt". Acest nume este o referire la procesul de pavare folosit de MacAdam.
Orașul Lancaster a găzduit mai multe personalități importante din istoria americană. Wheatland, proprietatea lui James Buchanan, cel de-al cincisprezecelea președinte al Statelor Unite, este una dintre cele mai populare atracții din Lancaster. Thaddeus Stevens, considerat unul dintre cei mai puternici membri ai Camerei Reprezentanților din Statele Unite, a locuit în Lancaster în calitate de avocat. Stevens și-a câștigat notorietatea ca republican radical și pentru aboliționismul său. Opera Fulton din oraș a fost denumită după Robert Fulton, originar din Lancaster, care a proiectat vaporul modern cu aburi.
După Revoluția Americană, orașul Lancaster a devenit un centru de turnătorii de fier. Două dintre cele mai comune produse necesare pionierilor pentru a coloniza frontiera au fost fabricate în Lancaster: căruța Conestoga și pușca lungă din Pennsylvania. Căruța Conestoga a fost denumită după râul Conestoga, care traversează orașul.
În 1803, Meriwether Lewis a vizitat Lancaster pentru a fi instruit în metodele de topografie de către cunoscutul topograf Andrew Ellicott. În timpul vizitei sale, Lewis a învățat să traseze latitudini și longitudini ca parte a pregătirii sale generale necesare pentru a conduce Expediția Lewis și Clark.
În 1879, Franklin Winfield Woolworth a deschis primul său magazin de succes "five and dime" în orașul Lancaster. Compania F. W. Woolworth este succedată de Foot Locker.
Lancaster a fost una dintre comunitățile câștigătoare pentru premiul All-America City în 2000.