Anatomia comparată este compararea științifică a corpurilor animalelor. Scopul anatomiei comparate este de a vedea structura de lucru a acestora și de a decide asupra relațiilor filogenetice dintre diferitele grupuri de animale. Separarea animalelor în filii se face în principal prin anatomie comparată: a se vedea Lista fililor de animale.

Principalele tehnici utilizate sunt disecția și microscopia. Disecția este o metodă străveche folosită pentru a afla structura interioară a unui ființă vie (de obicei, se face după ce aceasta a murit). Ea este încă folosită de studenții la medicină pentru a învăța despre detaliile corpului uman. Microscoapele simple au fost inventate pentru prima dată în secolul al XVII-lea, iar microscopul compus (utilizat și astăzi) a devenit disponibil în secolul al XIX-lea. Scopul microscopiei este de a ne permite să vedem micile detalii ale structurii. De asemenea, se face adesea compararea atentă a unor colecții mari de animale (de obicei în muzee).

Marea epocă a anatomiei comparate a fost între 1800 și 1950. A fost folosită de cei care nu credeau în evoluție, cum ar fi Georges Cuvier, și de cei care credeau în evoluție, cum ar fi Thomas Henry Huxley. Charles Darwin însuși a folosit anatomia comparată ca instrument principal în lucrarea sa asupra crapelor. În prezent, principala metodă folosită pentru a afla relațiile este evoluția moleculară, care utilizează analiza secvențelor de ADN. Cu toate acestea, pentru multe scopuri de cercetare, zoologii încă disecă animale. Pentru a obține o diplomă în biologie, trebuie să știți despre structura animalelor (și a plantelor).