Darfur se întinde pe o suprafață de aproximativ 493 180 km² (196 555 mile²) - puțin peste două treimi din suprafața Franței și mai mult de jumătate din cea a Kenyei. Este în mare parte un platou arid, cu Munții Marrah (Jebel Marra), un lanț de vârfuri vulcanice care se ridică până la 3000 m, în centrul regiunii. Principalele orașe din regiune sunt Al Fashir, Nyala și Geneina.
Există patru caracteristici principale ale geografiei fizice. Întreaga jumătate estică a Darfurului este acoperită de câmpii și dealuri joase cu soluri nisipoase, cunoscute sub numele de goz, și dealuri de gresie. În multe locuri, goz-ul este lipsit de apă și poate fi locuit doar acolo unde există rezervoare de apă sau foraje adânci. La nord, goz este depășit de nisipurile deșertice ale Saharei. O a doua caracteristică sunt wadisurile, cursuri de apă sezoniere care variază de la mici râulețe care se inundă doar ocazional în timpul sezonului ploios până la wadisuri mari care se inundă în cea mai mare parte a ploilor și care curg din vestul Darfurului sute de kilometri spre vest, până la Lacul Ciad. Multe wadisuri au bazine de aluviuni cu soluri bogate care sunt, de asemenea, dificil de cultivat. Vestul Darfurului este dominat de cea de-a treia caracteristică, roca de bază, uneori acoperită cu un strat subțire de sol nisipos. Roca de subsol este prea puțin fertilă pentru a fi cultivată, dar oferă un strat forestier sporadic care poate fi pășunat de animale. A patra și ultima caracteristică sunt Munții Marrah, care se ridică până la un vârf în craterul Deriba, unde există o mică zonă cu climă temperată, precipitații abundente și izvoare permanente de apă.
Sezonul ploios este din iunie până în septembrie, transformând o mare parte din regiune din maro prăfuit în verde. Deoarece o mare parte din populația din Darfur este agricolă, ploile sunt vitale. În anii normali, o cultură este gata să fie recoltată până în noiembrie. Odată recoltate, tulpinile uscate pot fi folosite ca hrană pentru animalele domestice. În deșertul din nordul îndepărtat, pot trece ani între precipitații. În sudul îndepărtat, media anuală a precipitațiilor este de 700 mm și mulți copaci rămân verzi tot anul.
