Capitolul 1
La prima pornire a jocului, jucătorului i se permite să își creeze un avatar. După crearea acestui avatar, acesta este șters, jucătorului fiindu-i spus că "nimeni nu poate alege cine este în această lume".
Jucătorul începe povestea în rolul lui Kris, un om care trăiește cu mama sa adoptivă Toriel, un monstru. Toriel îl lasă pe Kris la școală, unde Kris merge la o clasă predată de Alphys. Kris și Susie, un coleg de clasă monstru, sunt trimiși să aducă cretă pentru tablă. După ce intră în dulapul cu rechizite, amândoi sunt atrași în "Lumea Întunecată". Acolo, ei o întâlnesc pe Ralsei, un prinț al întunericului, care le spune că ei trei sunt eroi destinați să închidă un gheizer de energie întunecată pentru a restabili echilibrul în acea lume. Cu toate acestea, regele a preluat controlul Lumii Întunecate și este hotărât să răspândească întunericul.
Susie alege să nu ajute, dorind doar să se întoarcă în lumea ei. Cu toate acestea, cei trei îl întâlnesc pe Lancer, fiul regelui, care încearcă să îi oprească să meargă mai departe cu diverse planuri prost gândite. Susie decide în cele din urmă să i se alăture lui Lancer, lăsându-le pe Kris și Ralsei pe cont propriu. În timp ce Kris și Ralsei se îndreaptă spre castelul regelui, Susie se împrietenește cu Lancer, iar cei patru devin în cele din urmă o echipă. Când își dă seama că vor trebui să se confrunte cu Regele, Lancer fuge la castel și le spune slugilor Regelui să îi arunce pe Kris, Ralsei și Susie în temniță.
Susie evadează din temniță și îl înfruntă pe Lancer, care îi explică faptul că a vrut să-i împiedice pe Susie și pe Rege să se rănească reciproc. Susie îi promite lui Lancer că nu-i va face rău regelui. Kris, Susie și Ralsei merg în vârful castelului și se luptă cu Regele. În cele din urmă, Regele cade la pământ de oboseală, iar Ralsei îl vindecă. Cu toate acestea, se dovedește a fi un șiretlic, deoarece Regele îi oprește rapid pe cei trei eroi să poată acționa, amenințându-i că îi va ucide pe toți. Dacă jucătorul nu a pus capăt luptelor anterioare luptând de-a lungul jocului, Lancer întoarce oamenii regelui împotriva lui și îl întemnițează, luând locul tatălui său. În caz contrar, Ralsei îl supune pe Rege cu o vrajă.
Grupul închide gheizerul întunecat, astfel încât Kris și Susie se pot întoarce în lumea lor. Acolo, Susie își ia rămas bun, menționând că vrea să meargă din nou în Lumea Întunecată. Jucătorul poate explora orașul înainte ca Kris să se ducă acasă la culcare.
În acea noapte, Kris, fără intervenția jucătorului, se agită în pat, apoi cade pe podea și șchiopătează până în centrul camerei. Kris îi sfâșie pieptul și îi smulge sufletul, aruncându-l într-o colivie de păsări din colțul camerei. Kris scoate un cuțit și se întoarce spre privitor. Zâmbește, cu ochiul drept care clipește roșu.
