Istoria Indoneziei sau, mai precis, a arhipelagului indonezian din Asia de Sud-Est, cu 17 508 insule, datează de la Homo erectus (cunoscut sub numele de "omul din Java"). Au fost găsite rămășițe fosilizate de acum aproximativ un milion de ani.

Populația austroneziană, care formează majoritatea populației moderne, a venit în Asia de Sud-Est din Taiwan. Au ajuns în Indonezia în jurul anului 2000 î.Hr. Popoarele băștinașe din Melanezia au plecat în regiunile estice îndepărtate. Condițiile agricole erau foarte bune. Când s-a dezvoltat cultivarea orezului în câmp umed, încă din secolul al VIII-lea î.Hr., s-au dezvoltat sate și orașe, iar micile regate au început să înflorească până în secolul I d.Hr. Poziția Indoneziei pe calea maritimă a ajutat la gestionarea comerțului internațional, unde comerțul cu regatele indiene și cu China se desfășura deja de câteva secole înainte de Hristos. Prin urmare, de atunci, comerțul a modelat în mod fundamental istoria Indoneziei.

Din secolul al VII-lea d.Hr., puternicul regat naval Srivijaya a înflorit ca urmare a comerțului. Odată cu el au fost importate hinduismul și budismul. La sfârșitul secolului al XIII-lea, regatul hindus Majapahit a fost fondat în estul insulei Java și, sub conducerea lui Gajah Mada, influența sa s-a extins asupra unei mari părți a Indoneziei; această perioadă este adesea numită "Epoca de aur" în istoria Indoneziei.

În secolul al XIII-lea, islamul s-a răspândit în nordul Sumatrei. Din ce în ce mai multe zone indoneziene au adoptat treptat islamul. Până la sfârșitul secolului al XVI-lea, acesta era religia dominantă în Java și Sumatra. Dar s-a amestecat cu influențele culturale și religioase existente.

Primii europeni au ajuns în Indonezia în 1512, când comercianții portughezi, conduși de Francisco Serrão, au încercat să monopolizeze sursele de nucșoară, cuișoare și piper cubeb din Maluku. Au urmat comercianții olandezi și britanici. În 1602, olandezii au înființat Compania Olandeză a Indiilor de Est (VOC) și au devenit puterea europeană dominantă. Însă controlul olandez nu s-a extins prea mult. Abia la începutul secolului al XX-lea s-a extins până la granițele de astăzi.

În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, olandezii au pierdut controlul, iar în august 1945, Sukarno, un influent lider naționalist, a declarat independența și a fost numit președinte. După unele lupte, Țările de Jos au recunoscut oficial independența Indoneziei în decembrie 1949 (cu excepția teritoriului olandez Noua Guinee de Vest).

Sukarno a trecut de la democrație la dictatură. Dar Sukarno a pierdut puterea în favoarea șefului armatei, generalul Suharto, care a fost numit oficial președinte în martie 1968. Acesta a fost susținut de guvernul SUA și a încurajat investițiile străine directe în Indonezia, ceea ce a contribuit la creșterea economică în următorii treizeci de ani. Dar guvernarea sa a fost însoțită de corupție și de suprimarea opoziției politice.

În 1997 și 1998, Indonezia a fost țara cea mai afectată de criza financiară asiatică. Acest lucru a sporit nemulțumirea populară față de Noua Ordine și a dus la proteste populare. Suharto a demisionat la 21 mai 1998. În 1999, Timorul de Est a votat pentru a părăsi statul Indonezia, după o ocupație militară de douăzeci și cinci de ani. După demisia lui Suharto, democrația s-a îmbunătățit. A fost introdus un program de autonomie regională, iar primele alegeri prezidențiale directe au avut loc în 2004. Dar o anumită instabilitate politică și economică a persistat. În 2005 s-a ajuns la o soluționare politică a conflictului armat separatist din Aceh.